Generating PVD files when the Triangulation is not present on all Ranks

Aperta
  • Qualcosa non va?
#171 9 commenti 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

Nessuno ha ancora preso questa issue.

Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
julia
Ambito
data-visualization, distributed-systems

Direzione di ricerca

Inizia dai punti di ingresso Visualization.createpvd e Visualization.savepvd e analizza l’issue #70; quindi esamina come viene usato Mpi.jl per coordinare i rank. Confronta il flusso DistributedPvd proposto con l’implementazione attuale. Il lavoro è completato quando è possibile generare file PVD anche se una triangolazione distribuita è assente su alcuni rank MPI.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

With the current implementation, we can not generate the paraview files when the triangulations are not present on all MPI ranks. In issue #70, this has been written as a #TODO task for taking nothing.

Since I needed this functionality for my use case, I tried to fix it myself, but I had to use functions from Mpi.jl as well. Below are the changes I made to make it work.

struct DistributedPvd{T<:AbstractArray}
  pvds::T
  main_rank::Int
end

function Visualization.createpvd(trian::DistributedTriangulation,parts::AbstractArray,args...;kwargs...)
  main_rank = -1
  map(local_views(trian), parts) do LocTrian, part
    flag = part * !(num_cells(LocTrian) == 0)
    global_flag = Vector{Int}(undef, MPI.Comm_size(MPI.COMM_WORLD))
    MPI.Allgather!([flag], global_flag, MPI.COMM_WORLD)
    main_rank = maximum(global_flag)
  end
  pvds = map_main(parts,main = main_rank) do part
    p = paraview_collection(args...;kwargs...)
  end
  DistributedPvd(pvds,main_rank)
end

function Visualization.createpvd(f,trian::DistributedTriangulation,parts::AbstractArray,args...;kwargs...)
  pvd = createpvd(trian,parts,args...;kwargs...)
  try
    f(pvd)
  finally
    savepvd(pvd)
  end
end

function Visualization.createpvd(parts::AbstractArray,args...;kwargs...)
  pvds = map_main(parts, main = 1) do part
    p = paraview_collection(args...;kwargs...)
  end
  DistributedPvd(pvds,1)
end

function Visualization.createpvd(f,parts::AbstractArray,args...;kwargs...)
  pvd = createpvd(parts,args...;kwargs...)
  try
    f(pvd)
  finally
    savepvd(pvd)
  end
end

function Visualization.savepvd(pvd::DistributedPvd)
  map_main(pvd.pvds, main = pvd.main_rank) do pvd
    vtk_save(pvd)
  end
end

function Base.setindex!(pvd::DistributedPvd,pvtk::AbstractArray,time::Real)

  map(pvtk) do pvtk
    if !isnothing(pvtk)
      vtk_save(pvtk)
    end  
  end

  map_main(pvtk,pvd.pvds,main = pvd.main_rank) do pvtk,pvd
    pvd[time] = pvtk
  end
end
Lingua principale
Julia
Stelle
150
Fork
28
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Altre issue di gridap/GridapDistributed.jl

Tutte le issue di gridap/GridapDistributed.jl

Issue simili

Altre issue su Julia

Ricevi le nuove issue nella tua casella

Un breve riepilogo di issue GitHub adatte ai principianti.