Generating PVD files when the Triangulation is not present on all Ranks

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評価

難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
初心者へのやさしさ
35/100
issue の種類
機能追加
明瞭さ
おおむね明確
活発さ
停滞
技術スタック
julia
領域
data-visualization, distributed-systems

調査の方向性

Visualization.createpvd と Visualization.savepvd のエントリポイントから始めて issue #70 を確認し、その後、ランクの調整に Mpi.jl がどのように使われているかを調べます。提案されている DistributedPvd のフローを現在の実装と比較します。分散三角形分割が一部の MPI ランクに存在しない場合でも PVD ファイルを生成できれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

With the current implementation, we can not generate the paraview files when the triangulations are not present on all MPI ranks. In issue #70, this has been written as a #TODO task for taking nothing.

Since I needed this functionality for my use case, I tried to fix it myself, but I had to use functions from Mpi.jl as well. Below are the changes I made to make it work.

struct DistributedPvd{T<:AbstractArray}
  pvds::T
  main_rank::Int
end

function Visualization.createpvd(trian::DistributedTriangulation,parts::AbstractArray,args...;kwargs...)
  main_rank = -1
  map(local_views(trian), parts) do LocTrian, part
    flag = part * !(num_cells(LocTrian) == 0)
    global_flag = Vector{Int}(undef, MPI.Comm_size(MPI.COMM_WORLD))
    MPI.Allgather!([flag], global_flag, MPI.COMM_WORLD)
    main_rank = maximum(global_flag)
  end
  pvds = map_main(parts,main = main_rank) do part
    p = paraview_collection(args...;kwargs...)
  end
  DistributedPvd(pvds,main_rank)
end

function Visualization.createpvd(f,trian::DistributedTriangulation,parts::AbstractArray,args...;kwargs...)
  pvd = createpvd(trian,parts,args...;kwargs...)
  try
    f(pvd)
  finally
    savepvd(pvd)
  end
end

function Visualization.createpvd(parts::AbstractArray,args...;kwargs...)
  pvds = map_main(parts, main = 1) do part
    p = paraview_collection(args...;kwargs...)
  end
  DistributedPvd(pvds,1)
end

function Visualization.createpvd(f,parts::AbstractArray,args...;kwargs...)
  pvd = createpvd(parts,args...;kwargs...)
  try
    f(pvd)
  finally
    savepvd(pvd)
  end
end

function Visualization.savepvd(pvd::DistributedPvd)
  map_main(pvd.pvds, main = pvd.main_rank) do pvd
    vtk_save(pvd)
  end
end

function Base.setindex!(pvd::DistributedPvd,pvtk::AbstractArray,time::Real)

  map(pvtk) do pvtk
    if !isnothing(pvtk)
      vtk_save(pvtk)
    end  
  end

  map_main(pvtk,pvd.pvds,main = pvd.main_rank) do pvtk,pvd
    pvd[time] = pvtk
  end
end
主要言語
Julia
スター
150
フォーク
28
30日以内にマージされた PR はありません

環境構築

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