Picard FixMateInformation does not launch individual jobs when multiple datasets are selected
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 38/100
Direzione di ricerca
Inizia dalla definizione dello strumento all’URL di ToolShed e confronta la gestione degli input con più dataset con l’esecuzione su un singolo dataset. Riproduci il fallimento usando più dataset BAM selezionati e ispeziona il comando generato associato all’entry point FixMateInformation di Picard. Il lavoro è completato quando ogni dataset selezionato avvia un job individuale con esito positivo.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Tool version: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/devteam/picard/00fe2ff64467
Problem: Tool attempts to execute using all selected inputs in one job, then fails. If run on one dataset at a time (same datasets that fail with multi-select), the jobs are successful.
Error example:
Dataset generation errors
Dataset 71: FixMateInformation on data 31 and data 27: BAM with fixed mates
Tool execution generated the following error message:
Fatal error: Exit code 1 ()
Picked up _JAVA_OPTIONS: -Djava.io.tmpdir=/galaxy-repl/main/scratch -Xmx7680m -Xms256m
Exception in thread "main" htsjdk.samtools.SAMException: Cannot read non-existent file: /galaxy-repl/main/files/XXX/XXX/dataset_XXX.dat,/galaxy-repl/main/files/XXX/XX/dataset_XXX.dat
at htsjdk.samtools.util.IOUtil.assertFileIsReadable(IOUtil.java:308)
at picard.sam.FixMateInformation.doWork(FixMateInformation.java:107)
at picard.cmdline.CommandLineProgram.instanceMain(CommandLineProgram.java:206)
at picard.cmdline.PicardCommandLine.instanceMain(PicardCommandLine.java:95)
at picard.cmdline.PicardCommandLine.main(PicardCommandLine.java:105)
cc @galaxyproject/guac
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 37
- Fork
- 94
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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