Picard FixMateInformation does not launch individual jobs when multiple datasets are selected
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 3/5
- Thời gian dự kiến
- 1-2 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 38/100
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu với định nghĩa công cụ tại URL của ToolShed và so sánh cách xử lý đầu vào nhiều dataset với việc thực thi một dataset. Tái hiện lỗi bằng cách sử dụng nhiều dataset BAM đã chọn và kiểm tra lệnh được tạo liên kết với entry point FixMateInformation của Picard. Hoàn tất khi mỗi dataset đã chọn khởi chạy thành công dưới dạng một job riêng lẻ.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Tool version: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/devteam/picard/00fe2ff64467
Problem: Tool attempts to execute using all selected inputs in one job, then fails. If run on one dataset at a time (same datasets that fail with multi-select), the jobs are successful.
Error example:
Dataset generation errors
Dataset 71: FixMateInformation on data 31 and data 27: BAM with fixed mates
Tool execution generated the following error message:
Fatal error: Exit code 1 ()
Picked up _JAVA_OPTIONS: -Djava.io.tmpdir=/galaxy-repl/main/scratch -Xmx7680m -Xms256m
Exception in thread "main" htsjdk.samtools.SAMException: Cannot read non-existent file: /galaxy-repl/main/files/XXX/XXX/dataset_XXX.dat,/galaxy-repl/main/files/XXX/XX/dataset_XXX.dat
at htsjdk.samtools.util.IOUtil.assertFileIsReadable(IOUtil.java:308)
at picard.sam.FixMateInformation.doWork(FixMateInformation.java:107)
at picard.cmdline.CommandLineProgram.instanceMain(CommandLineProgram.java:206)
at picard.cmdline.PicardCommandLine.instanceMain(PicardCommandLine.java:95)
at picard.cmdline.PicardCommandLine.main(PicardCommandLine.java:105)
cc @galaxyproject/guac
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 37
- Fork
- 94
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Chuẩn bị môi trường
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của galaxyproject/tools-devteam
-
Scatterplot: select the columns based on colnames rather than position in the tableCó thể đã có người làm @hechth đã nhận 633 ngày trước. Đang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
galaxyproject/tools-devteam#632 · 1 bình luận ·
-
bug
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
galaxyproject/tools-devteam#626 ·
-
Test against 22.01Đang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 15/100
galaxyproject/tools-devteam#602 · 2 bình luận ·
-
Unused tool parametersĐang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 45/100
galaxyproject/tools-devteam#601 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 38/100
galaxyproject/tools-devteam#597 · 4 bình luận ·
Tất cả issue của galaxyproject/tools-devteam
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100
Graphify-Labs/graphify#4860 · 1 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
:bug: Bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 84/100
scikit-image/scikit-image#8377 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Ingredient import validation accepts negative nutrient values and NaNCó thể đã có người làm @LukeSekai đã nhận hôm nay. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
wger-project/wger#2564 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
apache/ponymail-foal#351 ·
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 4 ngày