BAMtools "Convert, Merge, Randomize" - "Random" option requires sorted input
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Valutazione
- Difficoltà
- 2/5
- Tempo stimato
- 1-3 ore
- Idoneità per principianti
- 45/100
- Tipo di issue
- Documentazione
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- documentation, tooling
Direzione di ricerca
Cerca nelle definizioni degli strumenti di BAMtools "Convert, Merge, Randomize" e controlla la voce del modulo per l’opzione "Random". Aggiorna i commenti del modulo per specificare che l’input deve essere ordinato per coordinate e che SortSam deve essere eseguito per primo; il lavoro è completato quando il requisito è visibile agli utenti.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Maybe not a true bug, but unexpected input requirements that are not defined on the tool form.
The "Random" function requires that the input BAM/SAM is coordinate sorted. Meaning that SortSam should be run on it. This is true even for Tophat2 BAMs, which are already labeled as being coordinate sorted.
Several tools do not recognize Tophat2 BAMs as being in strict enough coord sort order when required in the input - BAMtools, Picard.
This tool's potential solution: Add comments to the tool form for the option "Random" specifying that the input must be coordinate sorted and to use SortSam first (on ALL?).
Other tool's potential solution: Add comments to use SortSam first, as a default.
Moved from Trello: https://trello.com/c/3nR6TXS0
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 37
- Fork
- 94
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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