BAMtools "Convert, Merge, Randomize" - "Random" option requires sorted input
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Evaluación
- Dificultad
- 2/5
- Tiempo estimado
- 1-3 horas
- Aptitud para principiantes
- 45/100
- Tipo de issue
- Documentación
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Área
- documentation, tooling
Línea de trabajo
Busca en las definiciones de herramientas "Convert, Merge, Randomize" de BAMtools y revisa la entrada del formulario para la opción "Random". Actualiza los comentarios del formulario para indicar que la entrada debe estar ordenada por coordenadas y que primero se debe ejecutar SortSam; se considera terminado cuando el requisito sea visible para los usuarios.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Maybe not a true bug, but unexpected input requirements that are not defined on the tool form.
The "Random" function requires that the input BAM/SAM is coordinate sorted. Meaning that SortSam should be run on it. This is true even for Tophat2 BAMs, which are already labeled as being coordinate sorted.
Several tools do not recognize Tophat2 BAMs as being in strict enough coord sort order when required in the input - BAMtools, Picard.
This tool's potential solution: Add comments to the tool form for the option "Random" specifying that the input must be coordinate sorted and to use SortSam first (on ALL?).
Other tool's potential solution: Add comments to use SortSam first, as a default.
Moved from Trello: https://trello.com/c/3nR6TXS0
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 37
- Forks
- 94
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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