Annovar produces green empty dataset when output set to VCF
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 38/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- bioinformatics, tooling
Direzione di ricerca
Inizia esaminando la modifica di Annovar discussa nella pull request #109 di tools-devteam, concentrandoti sull’opzione vcfinput rispetto a vcfoutput e sull’invocazione di table_annovar.pl. Riproduci il job con output VCF, quindi verifica che non segnali più un’opzione sconosciuta e che produca un dataset popolato invece di uno verde e vuoto.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Details reported in dataset info field:
Log: tool progress
Log: tool progress
Unknown option: vcfinput
Usage:
table_annovar.pl [arguments]Optional arguments: -h, --help print help message -m, --man
Executing the same exact job with tabular output is successful.
Modification was added here: https://github.com/galaxyproject/tools-devteam/pull/109
Where using "vcfinput" versus "vcfoutput" was discussed.
Reported by: https://biostar.usegalaxy.org/p/15686/
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 37
- Fork
- 94
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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