Annovar produces green empty dataset when output set to VCF
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 38/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Área
- bioinformatics, tooling
Línea de trabajo
Comienza revisando la modificación de Annovar tratada en el pull request #109 de tools-devteam, centrándote en la opción vcfinput frente a vcfoutput y en la invocación de table_annovar.pl. Reproduce el job con salida VCF y verifica después que ya no informe de una opción desconocida y que produzca un dataset con datos en lugar de uno verde y vacío.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Details reported in dataset info field:
Log: tool progress
Log: tool progress
Unknown option: vcfinput
Usage:
table_annovar.pl [arguments]Optional arguments: -h, --help print help message -m, --man
Executing the same exact job with tabular output is successful.
Modification was added here: https://github.com/galaxyproject/tools-devteam/pull/109
Where using "vcfinput" versus "vcfoutput" was discussed.
Reported by: https://biostar.usegalaxy.org/p/15686/
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 37
- Forks
- 94
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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