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campaslab

3 repository indicizzati · Vedi su GitHub

napari-stress
Interactive surface analysis in napari for bio-mechanical stress measurement

Python · 18 stelle
STRESS

Python · 8 stelle
Osmotic-Pressure-droplet-volume-reading
Code assocaiated to the article In situ quantification of osmotic pressure within living embryonic tissues

MATLAB · 0 stelle

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

Possible argument-order bug in sph_harm → sph_harm_y migration Aperta

bug

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 74/100

campaslab/napari-stress#426 · 1 reazione · Aperta il 24/7/2026
Point cloud vtp file output only in "interactive usage" but not in "from code" Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#424 · Aperta il 16/1/2026
Physical units in final output Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 38/100

campaslab/napari-stress#423 · Aperta il 29/7/2025
Stratify tests Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#405 · Aperta il 30/4/2025
output figure: Stresses_cell Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#401 · 1 commento · Aperta il 1/4/2025
screentshot of napari stress Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

campaslab/napari-stress#399 · Aperta il 24/3/2025
Empty values in tissue stress autocorrelation Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

campaslab/napari-stress#397 · Aperta il 24/3/2025
Use `napari-timelapse-processor` instead of internal `frame_by_frame` Aperta

enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#382 · Aperta il 8/8/2024
Glossary add-on Aperta

documentation

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#379 · 1 commento · Aperta il 17/7/2024
Clarify documentation Aperta

documentation

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 45/100

campaslab/napari-stress#377 · Aperta il 17/7/2024
No data plotted :( Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

campaslab/napari-stress#360 · 2 commenti · Aperta il 5/4/2024
Correct Voxel Size in Sample Data Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/STRESS#4 · Aperta il 15/1/2024
Rename Output Image Files from Droplet Reconstruction Tool box Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

campaslab/STRESS#3 · Aperta il 15/1/2024
Measuring intensities on rescaled images Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#352 · 1 commento · Aperta il 4/1/2024
Add license and Readme.md Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

campaslab/Osmotic-Pressure-droplet-volume-reading#1 · 1 commento · Aperta il 29/8/2023
Feedback on reconstruction quality confocal vs spinning disc imaging Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 18/100

campaslab/napari-stress#317 · 9 commenti · Aperta il 24/7/2023
Remove numpy pin Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

campaslab/napari-stress#303 · Aperta il 27/6/2023
Quantify tissue-scale stresses along AP, ML and DV axis of Zebrafish embryo? Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

campaslab/napari-stress#300 · 1 commento · Aperta il 16/6/2023
Fix bug with surface subsampling Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 30/100

campaslab/napari-stress#298 · Aperta il 16/6/2023
Smoothing default value to higher value? Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#296 · Aperta il 16/6/2023
Improve outlier removal Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

campaslab/napari-stress#295 · Aperta il 16/6/2023
Parameters in droplet reconstruction in microns Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

campaslab/napari-stress#294 · 1 commento · Aperta il 16/6/2023
Improve docstrings for spherical harmonics Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#291 · Aperta il 7/6/2023
Add reference coordinate for stress projections Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

campaslab/napari-stress#290 · Aperta il 7/6/2023
Measure mean squared displacement Aperta

enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#289 · Aperta il 7/6/2023
Add measurement selection to comprehensive measurement toolbox Aperta

enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

campaslab/napari-stress#281 · Aperta il 9/5/2023
Add `frame` column to features dataframes Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

campaslab/napari-stress#276 · Aperta il 16/3/2023
Add info on how to use toolboxes Aperta

documentation

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 50/100

campaslab/napari-stress#257 · Aperta il 1/3/2023
Interactive mean curvature measurement not working Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

campaslab/napari-stress#233 · Aperta il 26/1/2023
Visualizing `mean_curvature` on lebedev quadrature throws error Aperta

bug

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100

campaslab/napari-stress#232 · 1 commento · Aperta il 26/1/2023
Consider moving measurements to other Tools menu Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#225 · 1 commento · Aperta il 22/1/2023
Open file dialogue in analyze_everything notebook to select file Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#216 · Aperta il 18/11/2022
Documentation pointing to `Plugins` menu Aperta

documentation

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#208 · Aperta il 11/11/2022
Add more description to `Analyze_everything.ipynb` Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100

campaslab/napari-stress#204 · Aperta il 8/11/2022
Remove binarization and labeling from droplet reconstruction toolbox Aperta

enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#186 · Aperta il 26/10/2022
napari_stl_exporter not found Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 38/100

campaslab/napari-stress#175 · Aperta il 21/10/2022
`Mean curvature on manifold` throws error if `ImageData` in layer list Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#164 · Aperta il 26/9/2022
Trace-Refine Surface Points Error Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#160 · 2 commenti · Aperta il 22/9/2022
'mean_curvature_on_manifold' feature not showing Aperta

enhancement

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#149 · 1 commento · Aperta il 7/9/2022
Add `frame_by_frame` to `perform_lebedev_quadrature` Aperta

bug core functionality

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

campaslab/napari-stress#148 · Aperta il 30/8/2022
Add measurement for vector length Aperta

enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#126 · Aperta il 8/8/2022
Move timelapse converter upstream Aperta

help wanted nice to have

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#104 · Aperta il 28/7/2022
Improve code quality Aperta

nice to have

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

campaslab/napari-stress#96 · Aperta il 9/7/2022
Spherical harmonics coefficients formatting Aperta

enhancement nice to have

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

campaslab/napari-stress#86 · 16 commenti · Aperta il 17/6/2022
Empty output directories Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/STRESS#1 · 1 commento · Aperta il 14/6/2022
Make napari-stress available on conda-forge Aperta

nice to have

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#76 · Aperta il 5/6/2022
Dependency conflict with morphometrics Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 38/100

campaslab/napari-stress#73 · 5 commenti · Aperta il 5/6/2022
Trace refinement from tools menu Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

campaslab/napari-stress#68 · 8 commenti · Aperta il 3/6/2022
napari-stress ships napari==0.4.14 Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

campaslab/napari-stress#62 · 4 commenti · Aperta il 3/6/2022
Check if it actually is 4D Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

campaslab/napari-stress#13 · 3 commenti · Aperta il 23/4/2022

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