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campaslab

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napari-stress
Interactive surface analysis in napari for bio-mechanical stress measurement

Python · 18 estrellas
STRESS

Python · 8 estrellas
Osmotic-Pressure-droplet-volume-reading
Code assocaiated to the article In situ quantification of osmotic pressure within living embryonic tissues

MATLAB · 0 estrellas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Possible argument-order bug in sph_harm → sph_harm_y migration Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 74/100

campaslab/napari-stress#426 · 1 reacción · Abierto el 24/7/2026
Point cloud vtp file output only in "interactive usage" but not in "from code" Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#424 · Abierto el 16/1/2026
Physical units in final output Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 38/100

campaslab/napari-stress#423 · Abierto el 29/7/2025
Stratify tests Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#405 · Abierto el 30/4/2025
output figure: Stresses_cell Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#401 · 1 comentario · Abierto el 1/4/2025
screentshot of napari stress Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

campaslab/napari-stress#399 · Abierto el 24/3/2025
Empty values in tissue stress autocorrelation Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

campaslab/napari-stress#397 · Abierto el 24/3/2025
Use `napari-timelapse-processor` instead of internal `frame_by_frame` Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#382 · Abierto el 8/8/2024
Glossary add-on Abierto

documentation

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#379 · 1 comentario · Abierto el 17/7/2024
Clarify documentation Abierto

documentation

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 45/100

campaslab/napari-stress#377 · Abierto el 17/7/2024
No data plotted :( Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

campaslab/napari-stress#360 · 2 comentarios · Abierto el 5/4/2024
Correct Voxel Size in Sample Data Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/STRESS#4 · Abierto el 15/1/2024
Rename Output Image Files from Droplet Reconstruction Tool box Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

campaslab/STRESS#3 · Abierto el 15/1/2024
Measuring intensities on rescaled images Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#352 · 1 comentario · Abierto el 4/1/2024
Add license and Readme.md Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/Osmotic-Pressure-droplet-volume-reading#1 · 1 comentario · Abierto el 29/8/2023
Feedback on reconstruction quality confocal vs spinning disc imaging Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 18/100

campaslab/napari-stress#317 · 9 comentarios · Abierto el 24/7/2023
Remove numpy pin Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

campaslab/napari-stress#303 · Abierto el 27/6/2023
Quantify tissue-scale stresses along AP, ML and DV axis of Zebrafish embryo? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

campaslab/napari-stress#300 · 1 comentario · Abierto el 16/6/2023
Fix bug with surface subsampling Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 30/100

campaslab/napari-stress#298 · Abierto el 16/6/2023
Smoothing default value to higher value? Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#296 · Abierto el 16/6/2023
Improve outlier removal Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

campaslab/napari-stress#295 · Abierto el 16/6/2023
Parameters in droplet reconstruction in microns Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

campaslab/napari-stress#294 · 1 comentario · Abierto el 16/6/2023
Improve docstrings for spherical harmonics Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#291 · Abierto el 7/6/2023
Add reference coordinate for stress projections Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

campaslab/napari-stress#290 · Abierto el 7/6/2023
Measure mean squared displacement Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#289 · Abierto el 7/6/2023
Add measurement selection to comprehensive measurement toolbox Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

campaslab/napari-stress#281 · Abierto el 9/5/2023
Add `frame` column to features dataframes Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

campaslab/napari-stress#276 · Abierto el 16/3/2023
Add info on how to use toolboxes Abierto

documentation

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 50/100

campaslab/napari-stress#257 · Abierto el 1/3/2023
Interactive mean curvature measurement not working Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

campaslab/napari-stress#233 · Abierto el 26/1/2023
Visualizing `mean_curvature` on lebedev quadrature throws error Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 55/100

campaslab/napari-stress#232 · 1 comentario · Abierto el 26/1/2023
Consider moving measurements to other Tools menu Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#225 · 1 comentario · Abierto el 22/1/2023
Open file dialogue in analyze_everything notebook to select file Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#216 · Abierto el 18/11/2022
Documentation pointing to `Plugins` menu Abierto

documentation

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#208 · Abierto el 11/11/2022
Add more description to `Analyze_everything.ipynb` Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 55/100

campaslab/napari-stress#204 · Abierto el 8/11/2022
Remove binarization and labeling from droplet reconstruction toolbox Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#186 · Abierto el 26/10/2022
napari_stl_exporter not found Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 38/100

campaslab/napari-stress#175 · Abierto el 21/10/2022
`Mean curvature on manifold` throws error if `ImageData` in layer list Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#164 · Abierto el 26/9/2022
Trace-Refine Surface Points Error Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#160 · 2 comentarios · Abierto el 22/9/2022
'mean_curvature_on_manifold' feature not showing Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#149 · 1 comentario · Abierto el 7/9/2022
Add `frame_by_frame` to `perform_lebedev_quadrature` Abierto

bug core functionality

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

campaslab/napari-stress#148 · Abierto el 30/8/2022
Add measurement for vector length Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#126 · Abierto el 8/8/2022
Move timelapse converter upstream Abierto

help wanted nice to have

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#104 · Abierto el 28/7/2022
Improve code quality Abierto

nice to have

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

campaslab/napari-stress#96 · Abierto el 9/7/2022
Spherical harmonics coefficients formatting Abierto

enhancement nice to have

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

campaslab/napari-stress#86 · 16 comentarios · Abierto el 17/6/2022
Empty output directories Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/STRESS#1 · 1 comentario · Abierto el 14/6/2022
Make napari-stress available on conda-forge Abierto

nice to have

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#76 · Abierto el 5/6/2022
Dependency conflict with morphometrics Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 38/100

campaslab/napari-stress#73 · 5 comentarios · Abierto el 5/6/2022
Trace refinement from tools menu Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

campaslab/napari-stress#68 · 8 comentarios · Abierto el 3/6/2022
napari-stress ships napari==0.4.14 Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

campaslab/napari-stress#62 · 4 comentarios · Abierto el 3/6/2022
Check if it actually is 4D Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

campaslab/napari-stress#13 · 3 comentarios · Abierto el 23/4/2022

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