getHumanOrthologs error
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
Direzione di ricerca
Inizia da getHumanOrthologs e segui il percorso ribiosAnnotation che raggiunge rjson::fromJSON, riproducendo il problema con le credenziali riportate e la query da topo a umano. Confronta il payload restituito con le aspettative del parser; il lavoro è completato quando la funzione termina senza l’errore di parsing e annota geni come Cxcl11 con i relativi ortologhi umani.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Dear David,
I am running some templates from biokitr and found out an issue with mouse <-> human orthologs. My dataset is mouse but not all of genes were being annotated with the human ortholog, despite they being well known (e.g. Cxcl11 = CXCL11). I went to the code, and it uses ribiosAnnotation function:
orths <- data.table(getHumanOrthologs(organism, useRibios = TRUE))
This function can have 2 routes if we have ribiosAnnotation credentials (which I have now in my home as specified)
However, the function fails because of the following error:
Error in rjson::fromJSON(file = file) :
not all data was parsed (570 chars were parsed out of a total of 950 chars)
Have you encounter this before?
I have tested with R4.1.2 and R4.2.0 (sHPC).
Thanks, Martha
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 0
- Fork
- 1
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
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