getHumanOrthologs error
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
Línea de trabajo
Comienza en getHumanOrthologs y sigue la ruta de ribiosAnnotation que llega a rjson::fromJSON, reproduciendo el fallo con las credenciales indicadas y la consulta de ratón a humano. Compara el payload devuelto con las expectativas del parser; se considera completado cuando la función termina sin el error de análisis y anota genes como Cxcl11 con sus ortólogos humanos.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Dear David,
I am running some templates from biokitr and found out an issue with mouse <-> human orthologs. My dataset is mouse but not all of genes were being annotated with the human ortholog, despite they being well known (e.g. Cxcl11 = CXCL11). I went to the code, and it uses ribiosAnnotation function:
orths <- data.table(getHumanOrthologs(organism, useRibios = TRUE))
This function can have 2 routes if we have ribiosAnnotation credentials (which I have now in my home as specified)
However, the function fails because of the following error:
Error in rjson::fromJSON(file = file) :
not all data was parsed (570 chars were parsed out of a total of 950 chars)
Have you encounter this before?
I have tested with R4.1.2 and R4.2.0 (sHPC).
Thanks, Martha
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 0
- Forks
- 1
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Más de bedapub/ribiosAnnotation
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Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100
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