Proprietario
TRON-Bioinformatics
12 repository indicizzati · Vedi su GitHub
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vafator
Annotate variants in a VCF file with technical annotations from one or more BAMs
Jupyter Notebook · 10 stelle
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oblx
Reproducible generation of references and resources for next generation sequencing pipelines.
Python · 9 stelle
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tronflow-vcf-postprocessing
A Nextflow variant normalization pipeline based on vt and bcftools
Shell · 6 stelle
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tronflow-bam-preprocessing
Nextflow pipeline for the preprocessing of BAM files based on GATK best practices. Marking duplicates, realignment around indels, base qu...
Nextflow · 5 stelle
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qualibam
A Nextflow pipeline built in nf-core style for comprehensive BAM file quality control, supporting both DNA and RNA sequencing input. Inte...
Nextflow · 5 stelle
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VariantMedium
Sensitive and generalizable somatic point mutation calling with 3D DenseNets
Python · 5 stelle
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qcpanda
TRON-Bioinformatics/qcpanda is a Nextflow (DSL2) pipeline that runs a comprehensive battery of QC tools — SeqKit, FastQC, Sequali, fastp,...
Nextflow · 3 stelle
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tronmake-kmer-pipeline
A Snakemake workflow to build and query large scale k-mer datastructures
Python · 3 stelle
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neorasp
NEOantigens from RNa-SPlicing
Python · 2 stelle
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k4neo
k4neo enables easy screening of target sequences against a sequence database generated from a set of defined control samples. This packag...
Python · 2 stelle
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DEEPctMUT
Tumor-naïve ctDNA mutation detection pipeline
Python · 2 stelle
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k4neo-index-data
k4neo sequence database of healthy and tumor tissue transcriptomes.
Shell · 0 stelle
Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data
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enhancement
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 70/100
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
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bug
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100
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bug
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100
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Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 68/100
TRON-Bioinformatics/oblx#265 ·
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Add salmon v2 indexAperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
TRON-Bioinformatics/oblx#262 · 1 commento · 1 reazione ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
TRON-Bioinformatics/oblx#257 ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100
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Add genename/protein name to UniProt annotationForse di nuovo libera @LKress l’ha presa 65 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
TRON-Bioinformatics/oblx#256 · 1 assegnatario ·
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Make virus list configurableAperta
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 58/100
TRON-Bioinformatics/oblx#253 ·
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
TRON-Bioinformatics/oblx#235 ·
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100
TRON-Bioinformatics/oblx#234 ·
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
TRON-Bioinformatics/oblx#232 ·
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feat: draft T2T supportAperta
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
TRON-Bioinformatics/oblx#229 ·
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Difficoltà 1/5 1-3 ore Idoneità per principianti 74/100
TRON-Bioinformatics/k4neo#25 ·
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100
TRON-Bioinformatics/k4neo#24 ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100
TRON-Bioinformatics/k4neo#22 ·
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feat: add kmc3 and mmcAperta
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
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bug
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 64/100
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100
TRON-Bioinformatics/k4neo#16 ·
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chore: add CITATION.cffAperta
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 42/100
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 50/100
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 42/100
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feat: add GGCATAperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100
TRON-Bioinformatics/k4neo#15 ·
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100
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chore: QOL improvementsAperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
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feat: strand-aware indexingAperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
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CRAM InputApertaenhancement
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100
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documentation
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100
TRON-Bioinformatics/k4neo#14 ·
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feat: add fulgor + sshashAperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100
TRON-Bioinformatics/k4neo#12 ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100
TRON-Bioinformatics/k4neo#11 ·
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100
TRON-Bioinformatics/k4neo#10 ·
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
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