TRON-Bioinformatics/tronflow-bam-preprocessing
Nextflow pipeline for the preprocessing of BAM files based on GATK best practices. Marking duplicates, realignment around indels, base quality score recalibration (BQSR) and reporting of metrics are optional to maintain flexibility for different use cases.
TRON-Bioinformatics/tronflow-bam-preprocessing è adatto ai principianti?
Abbiamo visto troppo poche pull request recenti di contributori esterni su TRON-Bioinformatics/tronflow-bam-preprocessing per dire quanto spesso vengono accettate. Al momento non è aperta nessuna issue adatta ai principianti; l'elenco qui sotto mostra le altre issue che abbiamo per questo repository.
- Stelle
- 5
- Fork
- 0
- Issue aperte per principianti
- 0
- Issue indicizzate
- 4
- Lingua principale
- Nextflow
- Licenza
- MIT
- Ultimo push su GitHub
- 15/4/2026
- Ultima indicizzazione
- 21/9/2026
- Guida per i contributori
- Nessuna guida per i contributori
- Codice di condotta
- Nessun codice di condotta
- Label per principianti
- Nessuna label per principianti indicizzata
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Come contribuire a TRON-Bioinformatics/tronflow-bam-preprocessing
- Non c'è una guida per contribuire: parti dal README e da alcune pull request accettate di recente per capire come si propongono le modifiche.
- I tuoi contributi saranno pubblicati con la licenza MIT del progetto.
- Segui il repository per sapere quando si apre una nuova issue adatta ai principianti, oppure guarda le altre issue qui sotto.
Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data
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Add flag to select tool used for marking/removing duplicatesForse di nuovo libera @priesgo l’ha presa 1441 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Apertaenhancement
TRON-Bioinformatics/tronflow-bam-preprocessing#14 · 1 assegnatario ·
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Caluclate deduplication rateForse di nuovo libera @priesgo l’ha presa 1454 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
TRON-Bioinformatics/tronflow-bam-preprocessing#13 · 1 assegnatario ·
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Compress and tabix index the depth of coverage outputForse di nuovo libera @priesgo l’ha presa 1476 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
TRON-Bioinformatics/tronflow-bam-preprocessing#12 · 1 assegnatario ·
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Parameter "--skip_metrics" not workingForse di nuovo libera @priesgo l’ha presa 1589 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
TRON-Bioinformatics/tronflow-bam-preprocessing#9 · 1 assegnatario ·