TRON-Bioinformatics

Las issues en las que quizá ya trabaja alguien aparecen al final. Ordenar todo por fecha

• Annotate corrupted fastq files

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar
  enhancement

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

  TRON-Bioinformatics/qcpanda#8 · Abierto el 3/11/2026

• Remove default scatter size as this is already set in config validation

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 70/100

  TRON-Bioinformatics/neorasp#6 · Abierto el 3/11/2026

• Use neofox input for add_quant_counts

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  TRON-Bioinformatics/neorasp#5 · Abierto el 3/11/2026

• resume function not working for some processes

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar
  bug

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

  TRON-Bioinformatics/qcpanda#7 · Abierto el 26/10/2026

• Out of memory - FASTQ_NGSCHECKMATE:NGSCHECKMATE_VAFNCM

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar
  bug

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

  TRON-Bioinformatics/qcpanda#6 · Abierto el 26/10/2026

• Organism specific config validation schema

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 3/5 Medio día Aptitud para principiantes 68/100

  TRON-Bioinformatics/oblx#265 · Abierto el 7/10/2026

• Add salmon v2 index

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  TRON-Bioinformatics/oblx#262 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 5/10/2026

• feat: add minimiser matrix generation

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  TRON-Bioinformatics/tronmake-kmer-pipeline#74 · Abierto el 11/9/2026

• Add chromosomes to mouse example config in documentation

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

  TRON-Bioinformatics/oblx#257 · Abierto el 10/9/2026

• feat: add Needle semi-quantitative index

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

  TRON-Bioinformatics/tronmake-kmer-pipeline#73 · Abierto el 8/9/2026

• Add genename/protein name to UniProt annotation

  Quizá libre de nuevo @LKress la tomó hace 66 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  TRON-Bioinformatics/oblx#256 · 1 asignado · Abierto el 31/8/2026

• Make virus list configurable

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

  TRON-Bioinformatics/oblx#253 · Abierto el 26/8/2026

• Replace gencode2ensembl mapping

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

  TRON-Bioinformatics/oblx#235 · Abierto el 5/8/2026

• Extract UniProt table from knowledge database

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

  TRON-Bioinformatics/oblx#234 · Abierto el 4/8/2026

• Remove re-defintion of TMPDIR in rule scripts

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

  TRON-Bioinformatics/oblx#232 · Abierto el 4/8/2026

• feat: draft T2T support

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  TRON-Bioinformatics/oblx#229 · Abierto el 25/7/2026

• docs: Update README and documentation page with link to k4neo preprint

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 1/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 74/100

  TRON-Bioinformatics/k4neo#25 · Abierto el 19/7/2026

• Support CRAM as input in vcf-postprocessing

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

  TRON-Bioinformatics/tronflow-vcf-postprocessing#27 · Abierto el 14/7/2026

• Support CRAM as input in vafator

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

  TRON-Bioinformatics/vafator#58 · Abierto el 14/7/2026

• chore: add config/README.md to fulfill all the criteria of the Snakemake Workflow Catalog.

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 55/100

  TRON-Bioinformatics/tronmake-kmer-pipeline#72 · Abierto el 13/7/2026

• chore: add linting task in poetry toml

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

  TRON-Bioinformatics/k4neo#24 · Abierto el 13/7/2026

• refactor: implement streaming backend for KmerIndex parsers

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

  TRON-Bioinformatics/k4neo#22 · Abierto el 10/7/2026

• feat: add kmc3 and mmc

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  TRON-Bioinformatics/tronmake-kmer-pipeline#71 · Abierto el 9/7/2026

• Out of memory - MultiQC, FastQC and Sequali

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar
  bug

  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 64/100

  TRON-Bioinformatics/qcpanda#5 · Abierto el 9/7/2026

• refactor: reference base uniqueness annotation

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

  TRON-Bioinformatics/k4neo#16 · Abierto el 6/7/2026

• chore: add CITATION.cff

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 42/100

  TRON-Bioinformatics/tronmake-kmer-pipeline#70 · Abierto el 6/7/2026

• Automated narrative (plain-language) QC summaries

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  TRON-Bioinformatics/qualibam#30 · Abierto el 4/7/2026

• Programmatic/API access to QC metrics (REST or DuckDB-backed query layer)

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  TRON-Bioinformatics/qualibam#29 · Abierto el 4/7/2026

• Cloud-scale execution profiles (AWS Batch / Seqera Platform / Kubernetes) and CRAM support

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

  TRON-Bioinformatics/qualibam#28 · Abierto el 4/7/2026

• Support arbitrary sample metadata passthrough into the metrics output

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 50/100

  TRON-Bioinformatics/qualibam#27 · Abierto el 4/7/2026

• Expose full sample x gene expression matrix as a pipeline output

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  TRON-Bioinformatics/qualibam#26 · Abierto el 4/7/2026

• Cohort-level outlier and batch-drift detection across QC metrics

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  TRON-Bioinformatics/qualibam#25 · Abierto el 4/7/2026

• Incremental/resumable cohort mode for growing sample sets

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

  TRON-Bioinformatics/qualibam#24 · Abierto el 4/7/2026

• Structured, queryable QC output (Parquet/JSON) for cohort-scale analysis

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

  TRON-Bioinformatics/qualibam#23 · Abierto el 4/7/2026

• feat: add GGCAT

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  TRON-Bioinformatics/tronmake-kmer-pipeline#67 · Abierto el 3/7/2026

• refactor: drop jellyfish and replace with sshash-rs

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

  TRON-Bioinformatics/k4neo#15 · Abierto el 3/7/2026

• chore: add github pages documentation as landing page

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

  TRON-Bioinformatics/k4neo-index-data#2 · Abierto el 3/7/2026

• chore: QOL improvements

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  TRON-Bioinformatics/k4neo-index-data#1 · Abierto el 3/7/2026

• feat: strand-aware indexing

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  TRON-Bioinformatics/tronmake-kmer-pipeline#66 · Abierto el 2/7/2026

• CRAM Input

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar
  enhancement

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100

  TRON-Bioinformatics/qualibam#19 · Abierto el 2/7/2026

• docs: Update README and docs for new command line interface

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar
  documentation

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

  TRON-Bioinformatics/k4neo#14 · Abierto el 1/7/2026

• feat: add fulgor + sshash

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  TRON-Bioinformatics/tronmake-kmer-pipeline#63 · Abierto el 1/7/2026

• refactor: rename input TSV columns

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 55/100

  TRON-Bioinformatics/k4neo#12 · Abierto el 29/6/2026

• feat: add describtive statistics for sample rate output

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

  TRON-Bioinformatics/k4neo#11 · Abierto el 29/6/2026

• refactor: add exception handling

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

  TRON-Bioinformatics/k4neo#10 · Abierto el 29/6/2026

• refactor: set size optimization

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  TRON-Bioinformatics/k4neo#9 · Abierto el 29/6/2026

• refactor: check usage of dictionaries in methods

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

  TRON-Bioinformatics/k4neo#8 · Abierto el 29/6/2026

• feat: Support mouse k-mer indices

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

  TRON-Bioinformatics/k4neo#7 · Abierto el 29/6/2026

• feat: Update metadata db scheme to consider origin of sample

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

  TRON-Bioinformatics/k4neo#6 · Abierto el 29/6/2026

• fix: `--output` is optional in CLI, but required for execution

  Abierto

  ⋯Informar de un problema con este issue

  • ¿Algo no está bien?

  • Ya está asignado
  • No es para principiantes
  • Obsoleto o no válido
  • Otra cosa…
  • Enviar Cancelar

  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

  TRON-Bioinformatics/k4neo#5 · Abierto el 29/6/2026