Implementation details and fixes
@csudre ci sta già lavorando.
Dal 9/10/2022.
Valutazione
Questa issue non è ancora stata valutata.
Descrizione
- To decrease code repetition and chance of implementation errors some functions/classes can be moved to a utility library:
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/mikael-mods/utils.py
and imported when needed, i.e.,
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/pairwise_measures.py#L6
This could also helps in highligting dependencies that would have to be dealt with for a potential MONAI conversion (e.g., skeletonize). - Parenthesis missing around shape argument, fix:
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/pairwise_measures.py#L428 - Ensure
refandpredare binarised, fix:
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/pairwise_measures.py#L180
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/pairwise_measures.py#L181 - Euclidean distance transform errors as it has two return variables by default, fix:
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/utils.py#L104 - Centre of mass function name same as variable name, fix (has also been moved to
utils.py):
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/utils.py#L93 - Maybe include a flag for enabling/disabling the debugging print statements?
- Note that
np.percentileinterpolates, c.f., Fig 7 in Common... paper that points to a discrete value. - Using a histogram in all_multi_threshold_values might be cleaner, i.e.
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/prob_pairwise_measures.py#L80 - Added a function
x_at_yfor less repeated code:
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/utils.py#L107
i.e.,
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/prob_pairwise_measures.py#L236 - No need to load image data to get nifti shape, i.e.
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/mixed_measures_processes.py#L142 - The
per_label_dictfunctions in the classes inmixed_measures_processes.pycould perhaps be implemented in a base class, which would lead to less lines of code.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 104
- Fork
- 18
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Guida per i contributori
Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Altre issue di Project-MONAI/MetricsReloaded
-
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 68/100
-
MorphologyOps.foreground_component() ignores connectivity parameter, always uses 1-connectivity Aperta
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100
-
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 50/100
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 52/100
Tutte le issue di Project-MONAI/MetricsReloaded
Issue simili
-
bug confirmed issue
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 75/100
open-webui/open-webui#30750 · 1 commento ·
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 75/100
-
enhancement
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 75/100
OpenwaterHealth/openmotion-bloodflow-app#604 · 1 commento ·
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 70/100
-
good first issue
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 90/100