Implementation details and fixes
@csudre がすでに取り組んでいます。
2022年10月9日 から。
評価
この issue はまだ評価されていません。
説明
- To decrease code repetition and chance of implementation errors some functions/classes can be moved to a utility library:
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/mikael-mods/utils.py
and imported when needed, i.e.,
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/pairwise_measures.py#L6
This could also helps in highligting dependencies that would have to be dealt with for a potential MONAI conversion (e.g., skeletonize). - Parenthesis missing around shape argument, fix:
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/pairwise_measures.py#L428 - Ensure
refandpredare binarised, fix:
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/pairwise_measures.py#L180
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/pairwise_measures.py#L181 - Euclidean distance transform errors as it has two return variables by default, fix:
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/utils.py#L104 - Centre of mass function name same as variable name, fix (has also been moved to
utils.py):
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/utils.py#L93 - Maybe include a flag for enabling/disabling the debugging print statements?
- Note that
np.percentileinterpolates, c.f., Fig 7 in Common... paper that points to a discrete value. - Using a histogram in all_multi_threshold_values might be cleaner, i.e.
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/prob_pairwise_measures.py#L80 - Added a function
x_at_yfor less repeated code:
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/utils.py#L107
i.e.,
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/prob_pairwise_measures.py#L236 - No need to load image data to get nifti shape, i.e.
https://github.com/csudre/MetricsReloaded/blob/f7f6296468b6556c882cccebb8b6a973d2352e01/mixed_measures_processes.py#L142 - The
per_label_dictfunctions in the classes inmixed_measures_processes.pycould perhaps be implemented in a base class, which would lead to less lines of code.
- 主要言語
- Python
- スター
- 104
- フォーク
- 18
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
コントリビューションガイド
このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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