Switch RMSD analysis in `gather_rms_data` to the symmetry corrected RMSD.

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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
48/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Tranquilla
Stack tecnologico
python
Ambito
data

Direzione di ricerca

Individua l’entry point gather_rms_data e segui il percorso HypTop che seleziona gli atomi del ligando UNK. Esamina in che modo i cambiamenti degli elementi tra gli stati finali influiscono su fix_elements, guess_ligand_bonds e SymmetryCorrectedLigandRMSD; il lavoro è completato quando l’analisi utilizza RMSD corretto per simmetria senza una gestione errata degli elementi.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

For the HypTop protocol, this will require handling element changes between the core atoms in the end states.

state_lig = select_state_atoms(u, end_state="A").select_atoms("resname UNK")
# ToDo: Fix elements in the B state
fix_elements
guess_ligand_bonds(state_lig, delete_existing=True)
lig_rmsd = SymmetryCorrectedLigandRMSD(state_lig).run(step=skip)
Lingua principale
Python
Stelle
22
Fork
2
Merge medio
24m
PR unite (30g)
2

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