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getvar() from many wrf output files?

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
data

Direzione di ricerca

La issue cita getvar(), gli elenchi di netCDF4.Dataset, xarray.open_mfdataset, MFDataset e ncrcat, ma nessun file o test del repository. Inizia esaminando la gestione degli elenchi di Dataset da parte di getvar() e riproducendo il problema del descrittore di file; il lavoro sarà considerato completato quando sarà disponibile un workflow supportato documentato oppure una modifica circoscritta verificata su migliaia di file.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

question support

First and foremost, thanks for providing this fantastic tool.

I'm using wrf.getvar() to open a time series for several variables (HFX, LH, some of the diagnostic variables) that are stored in WRF-written netCDF files. Each file contains a single temporal value (for a 30-minute period). It's a 4-month WRF run, so there are many of these files (> 5000).

For shorter WRF runs with fewer files I've passed getvar() a list of netCDF4.Datset objects.

Now I'm hitting a limit for number of open files (OSError: [Errno 24] Too many open files).

Is there a "best practice" for reading a single variable from lots and lots of netCDF files? It seems that xarray (1) isn't yet supported for getvar() and (2) may not work well anyway because xarray.open_mfdataset seems to want to read every variable from each WRF file and is thus very slow.

My WRF files are netCDF4 (not netCDF4-classic) which seems to rule out netcdf4.MFDataset().

Is my best bet to use something like ncrcat to make a temporary netCDF file containing only the variable I want? This could work but would, I guess, require some digging to supply all the WRF output variables needed for some of the wrf.getvar() diagnostic variables.

Lingua principale
Python
Stelle
498
Fork
178
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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