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getvar() from many wrf output files?

Abierto
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Evaluación

Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Aptitud para principiantes
25/100
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Claridad
Necesita aclaración
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
python
Área
data

Línea de trabajo

El issue menciona getvar(), las listas de netCDF4.Dataset, xarray.open_mfdataset, MFDataset y ncrcat, pero no ningún archivo ni prueba del repositorio. Empieza inspeccionando el manejo de listas de Dataset por parte de getvar() y reproduciendo el fallo del descriptor de archivo; se considerará terminado cuando haya un flujo de trabajo compatible documentado o un cambio acotado verificado con miles de archivos.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

question support

First and foremost, thanks for providing this fantastic tool.

I'm using wrf.getvar() to open a time series for several variables (HFX, LH, some of the diagnostic variables) that are stored in WRF-written netCDF files. Each file contains a single temporal value (for a 30-minute period). It's a 4-month WRF run, so there are many of these files (> 5000).

For shorter WRF runs with fewer files I've passed getvar() a list of netCDF4.Datset objects.

Now I'm hitting a limit for number of open files (OSError: [Errno 24] Too many open files).

Is there a "best practice" for reading a single variable from lots and lots of netCDF files? It seems that xarray (1) isn't yet supported for getvar() and (2) may not work well anyway because xarray.open_mfdataset seems to want to read every variable from each WRF file and is thus very slow.

My WRF files are netCDF4 (not netCDF4-classic) which seems to rule out netcdf4.MFDataset().

Is my best bet to use something like ncrcat to make a temporary netCDF file containing only the variable I want? This could work but would, I guess, require some digging to supply all the WRF output variables needed for some of the wrf.getvar() diagnostic variables.

Lenguaje dominante
Python
Estrellas
498
Forks
178
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

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Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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