BioPhi failed with TypeError: predict_scores() got an unexpected keyword argument 'model_version'
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- machine-learning
Direzione di ricerca
Inizia da biophi/humanization/methods/humanization.py e segui la chiamata a Sapiens fino a sapiens_predict_chain, quindi esamina biophi/humanization/cli/sapiens.py per vedere come il comando lo raggiunge. Riproduci il comando di umanizzazione Sapiens segnalato e verifica che la predizione venga completata senza l’errore imprevisto relativo all’argomento model_version.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
I get this, Anybody can give me a hand?
Settings:
-
Predicting using Sapiens model: lasted
-
Numbering scheme: imgt
-
CDR definition: imgt
-
Ignoring mutations in CDR regions
-
Humanizing using 1 iteration
2it [00:00, 12.96it/s]
Writing FASTA to file: humanized_test.fa
0%| | 0/2 [00:00<?, ?it/s]
Traceback (most recent call last):
File "/data/home/sczc830/.conda/envs/IgGM/lib/python3.10/site-packages/biophi/common/cli/main.py", line 11, in call
return self.main(*args, **kwargs)
File "/data/home/sczc830/.conda/envs/IgGM/lib/python3.10/site-packages/click/core.py", line 1383, in main
rv = self.invoke(ctx)
File "/data/home/sczc830/.conda/envs/IgGM/lib/python3.10/site-packages/click/core.py", line 1850, in invoke
return _process_result(sub_ctx.command.invoke(sub_ctx))
File "/data/home/sczc830/.conda/envs/IgGM/lib/python3.10/site-packages/click/core.py", line 1246, in invoke
return ctx.invoke(self.callback, **ctx.params)
File "/data/home/sczc830/.conda/envs/IgGM/lib/python3.10/site-packages/click/core.py", line 814, in invoke
return callback(*args, **kwargs)
File "/data/home/sczc830/.conda/envs/IgGM/lib/python3.10/site-packages/biophi/humanization/cli/sapiens.py", line 105, in sapiens
return sapiens_fasta_only(
File "/data/home/sczc830/.conda/envs/IgGM/lib/python3.10/site-packages/biophi/humanization/cli/sapiens.py", line 202, in sapiens_fasta_only
humanization = humanize_chain(chain, params=humanization_params)
File "/data/home/sczc830/.conda/envs/IgGM/lib/python3.10/site-packages/biophi/humanization/methods/humanization.py", line 170, in humanize_chain
return sapiens_humanize_chain(parental_chain, params=params)
File "/data/home/sczc830/.conda/envs/IgGM/lib/python3.10/site-packages/biophi/humanization/methods/humanization.py", line 214, in sapiens_humanize_chain
pred = sapiens_predict_chain(humanized_chain, model_version=params.model_version)
File "/data/home/sczc830/.conda/envs/IgGM/lib/python3.10/site-packages/biophi/humanization/methods/humanization.py", line 250, in sapiens_predict_chain
return sapiens.predict_scores(
TypeError: predict_scores() got an unexpected keyword argument 'model_version'
────────────────────────────────────────────────────────────
BioPhi failed with TypeError: predict_scores() got an unexpected keyword argument 'model_version'
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 268
- Fork
- 65
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Include un Dockerfile o un file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Nessuna guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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