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BioPhi failed with HMMscanError: b'Parse failed (sequence file /var/folders/j7/j8sdcdk16nn_ngnyt1nc9vlw0000gn/T/tmpuhcuvvsc.fasta):\nLine 3: illegal character }\n\n' 0it [00:00, ?it/s]

Aperta
  • Qualcosa non va?
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
bioinformatics

Direzione di ricerca

Riproduci il fallimento della riga di comando di BioPhi e ispeziona il file FASTA temporaneo a cui fa riferimento HMMscanError, in particolare la riga 3. Segui il percorso della riga di comando che crea o passa questo file di sequenza a HMMscan, quindi stabilisci il comportamento previsto per il carattere illegale e verificalo con un caso di regressione.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

I'm getting the following error when running BioPhi from the command line.

image

Lingua principale
Python
Stelle
267
Fork
65
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

  • Include un Dockerfile o un file Docker Compose
  • Nessun modello di pull request
  • Nessuna guida per i contributori

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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