mimic3wdb-matched RECORDS file hast too many entries
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
Direzione di ricerca
Inizia con wfdb.io.dl_database e confronta il file RECORDS collegato di mimic3wdb-matched con i contenuti del database, inclusa l’URL mancante 3783537_10000.hea. Verifica in che modo le voci aggiuntive causano errori di download, quindi verifica che il download del database non richieda più record inesistenti; la modifica proposta per il multithreading è una questione separata e più ampia.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
We are trying to download the mimic3wdb-matched database via wfdb.io.dl_database like so:
wfdb.io.dl_database("mimic3wdb-matched", "mimic3wdb-matched", records='all', annotators='all', keep_subdirs=True, overwrite=False)
After a long wait, we get an error indicating a missing file:
wfdb.io._url.NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic3wdb-matched/1.0/p01/p017488/3783537_10000.hea
While investigating we found that the corresponding RECORDS file contains more records than there are in the database:
https://physionet.org/files/mimic3wdb-matched/1.0/p01/p017488/RECORDS
RECORDS file:
Actual content:
wfdb.io.dl_database generates unique urls using this RECORDS file which then leads to the mentioned error above.
Some questions:
- Can someone adapt the RECORDS file to reflect the database content
- The download via
wfdb.io.dl_databaseis excruciating slow. Would it make sens to rewritewfdb.io.dl_databaseto use multi-threading? Or what approach do you use to dump the whole database efficiently?
- Lingua principale
- Jupyter Notebook
- Stelle
- 853
- Fork
- 322
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Guida per i contributori
Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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