mimic3wdb-matched RECORDS file hast too many entries

オープン

#466 2023年9月22日に作成コメント 1 件リアクション 0 件担当者 0 名 GitHub で見る

まだ誰も着手していません。

評価

難易度: 4/5
見積もり時間: 3〜5日
初心者へのやさしさ: 35/100

issue の種類: バグ
明瞭さ: おおむね明確
活発さ: 停滞
技術スタック: python
領域: backend, data

調査の方向性

wfdb.io.dl_database から始め、リンクされている mimic3wdb-matched RECORDS ファイルとデータベースの内容を比較してください。存在しない 3783537_10000.hea URL も含めます。追加のエントリによってダウンロード失敗がどのように発生するかを確認し、その後、データベースのダウンロード時に存在しないレコードが要求されなくなったことを検証してください。提案されているマルチスレッド化の変更は、別の、より広範な問題です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

We are trying to download the mimic3wdb-matched database via wfdb.io.dl_database like so:

wfdb.io.dl_database("mimic3wdb-matched", "mimic3wdb-matched", records='all', annotators='all', keep_subdirs=True, overwrite=False)

After a long wait, we get an error indicating a missing file:
wfdb.io._url.NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/mimic3wdb-matched/1.0/p01/p017488/3783537_10000.hea

While investigating we found that the corresponding RECORDS file contains more records than there are in the database:
https://physionet.org/files/mimic3wdb-matched/1.0/p01/p017488/RECORDS

RECORDS file:

Actual content:

wfdb.io.dl_database generates unique urls using this RECORDS file which then leads to the mentioned error above.

Some questions:

Can someone adapt the RECORDS file to reflect the database content
The download via wfdb.io.dl_database is excruciating slow. Would it make sens to rewrite wfdb.io.dl_database to use multi-threading? Or what approach do you use to dump the whole database efficiently?

主要言語: Jupyter Notebook
スター: 853
フォーク: 322
PR マージ指標: 30日以内にマージされた PR はありません

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

MIT-LCP/wfdb-python のほかの issue

Authentication handling in wfdb.io.dl_files, error 403 オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

MIT-LCP/wfdb-python#568 · 2026年5月6日に作成
Add validation of segments when writing a `MultiRecord` オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 48/100

MIT-LCP/wfdb-python#557 · 2026年1月9日に作成
wfdb.io.MultiRecord.wrsamp missing option for expanded=True オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 58/100

MIT-LCP/wfdb-python#554 · 2026年1月7日に作成
WFDB path ignored オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

MIT-LCP/wfdb-python#545 · 2025年7月1日に作成
Add support for single-file record packaging (`.wfdb`) オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

MIT-LCP/wfdb-python#540 · 2025年4月28日に作成

MIT-LCP/wfdb-python の issue をすべて見る

似ている issue

Add full support for Excel and XML exports as email attachment オープン

Area: Excel support

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 75/100

orbeon/orbeon-forms#7893 · 2026年9月23日に作成
[essnmx] Fix typo in NXLauetof application definition オープン

essnmx good first issue

難易度 1/5 1時間未満初心者へのやさしさ 95/100

scipp/ess#760 · 2026年9月23日に作成
`IOCExtractor` always fails: `ioc_analyzer.build()` takes 1 argument but the agent dispatcher passes 2 オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 75/100

yeti-platform/yeti#1380 · 2026年9月23日に作成
OAuth client scope handling breaks on comma-separated scope strings オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 75/100

modelcontextprotocol/python-sdk#3566 · 2026年9月23日に作成
Bedrock: every OpenAI GPT-6 Sol/Luna call fails with 400 because the default temperature is always sent オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 70/100

griptape-ai/griptape#2353 · 2026年9月23日に作成

Backend & API Design の issue をもっと見る