Saturated pixels reach ngmix unflagged: survey flag bit 8 marks only the first pixel of each saturated run
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 50/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Attiva
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- computer-vision
Direzione di ricerca
Start in split_exp, tracing how per-CCD flag files are produced and how SExtractor and the vignets consume them. Review default_exp.sex for the SATUR_LEVEL setting, then use the saturation evidence in /n17data/cdaley/scratch/saturation/ to check the proposed clipping, growth, and bleed-tail masks. Done means saturated pixels and their proposed extensions are flagged consistently without masking more good pixels than expected.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Saturated pixels reach ngmix unflagged and at full weight. In the CFIS survey flag map, bit 8 marks only the first (lowest-column) pixel of each horizontal run of saturated pixels. A 1-px bleed trail therefore looks fully flagged, while wider trail sections and star cores are mostly unflagged. Nothing downstream catches the rest:
- The v2 pipeline has no mask rule, and
prepare_ngmix_weightsnever tests image values. - SExtractor's saturation flag is inert, because
SATURATE = 65535in the headers while the int16 images clip at 32760.

Exposure 2086786p, CCD 23. Blue: survey flag bit 8. Red: clipped, unflagged, weight > 0. Right: the trail widens to two columns, and only the left one is flagged. Each red pixel there is about 2,400σ.
Scale (4 exposures × 40 CCDs): 80–88% of clipped pixels are unflagged, 66k–99k per exposure. In horizontal runs of clipped pixels at least 2 px wide, 76% have only the first pixel flagged. The pattern is the same on both amplifiers.
Impact on shapes, so far small:
- Among galaxy-like epoch stamps on tile 202.301, after the neighbour mask, 0.05% contain such a pixel, and 0.02% within 8 px of the centre. Most of those are coadd detections lying on a trail.
- PSF stars (MAG_AUTO > 18) sit below the clipping onset at mag 17.0–17.4 (inferred, not checked star by star).
- Shear impact is not measured.
Proposed fix, in split_exp, ORed into each per-CCD flag file so that SExtractor and the vignets both see it:
- flag
image ≥ 0.9 × 32760, which catches all of them at 0.02% of good pixels; - grow the mask by 1 px (3×3) for the charge spilled into the next column, about +1.5 to 3σ on the side away from the readout amplifier;
- extend it ±20 rows along the column for the bleed tails, which are still +2σ at 20 px. Total cost about 0.06–0.07% of good pixels.
Dilating bit 8 instead catches at most 50%, at 0.9% of the area. Separately, set SATUR_LEVEL ≈ 29000 in default_exp.sex so that exposure FLAGS bit 4 works.
Open: why the upstream flag-map production marks only the first pixel of each run. Someone who knows the CFIS flag pipeline would know.
Evidence on candide: /n17data/cdaley/scratch/saturation/ (scripts, the 4 exposures, figures, including fig_stats.png).
— Claude Opus 5.5, on behalf of Cail
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 18
- Fork
- 14
- Merge medio
- 2g 10h
- PR unite (30g)
- 37
Preparare l'ambiente
- Include un Dockerfile o un file Docker Compose
- Ha un modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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