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Loading an (arbitrary) package slows down bplapply()

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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
hpc

Direzione di ricerca

Start by reproducing the two bplapply() benchmarks with MulticoreParam and compare timings before and after loading mgcv. The issue names no files or tests, so trace the bplapply()/MulticoreParam execution path to identify where package loading affects the slowdown. Done should include a verified explanation and a regression check for the reported timing difference.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

2.5x longer when mgcv is loaded.

> library(BiocParallel)
> system.time(bplapply(1:1e2 , function(...) {}, BPPARAM = MulticoreParam(workers = 2, tasks=1e2)))
   user  system elapsed 
  0.089   0.008   5.832 
> library(mgcv)
Loading required package: nlme
This is mgcv 1.8-10. For overview type 'help("mgcv-package")'.
> system.time(bplapply(1:1e2 , function(...) {}, BPPARAM = MulticoreParam(workers = 2, tasks=1e2)))
   user  system elapsed 
  0.095   0.012  12.048
Lingua principale
R
Stelle
69
Fork
32
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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