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Bug with sequence length

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
bioinformatics

Direzione di ricerca

Riproduci l’esempio con la sequenza e la FASTA di riferimento indicate, quindi esamina CAI/CAI.py alla riga 75 di RSCU, alla riga 149 di relative_adaptiveness e alla riga 220 di CAI. Determina quale input causa il fallimento del controllo di divisibilità; il lavoro è completato quando la causa è stata identificata e il caso segnalato di sequenza codificante valida è gestito o diagnosticato chiaramente.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

I am testing CAI package following your instructions and I got a bug when processing small sequences. My sequence is:

>testseq
ATGAAATTAATATTGAAACTCGTGGAACGGAAAAAACTGATCAAGGAGTTAAAAGAAGATATTGAAGTAATTTAA

Then, when I execute the program:

>>> reference = [seq.seq for seq in SeqIO.parse("../database/annotation/1036673.PRJNA67335/1036673.PRJNA67335.ffn", "fasta")]
>>> CAI(sequence, reference=reference)

I receive this message:

  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/local/lib/python3.7/dist-packages/CAI/CAI.py", line 220, in CAI
    weights = relative_adaptiveness(sequences=reference, genetic_code=genetic_code)
  File "/usr/local/lib/python3.7/dist-packages/CAI/CAI.py", line 149, in relative_adaptiveness
    RSCUs = RSCU(sequences, genetic_code=genetic_code)
  File "/usr/local/lib/python3.7/dist-packages/CAI/CAI.py", line 75, in RSCU
    raise ValueError("Input sequence not divisible by three")
ValueError: Input sequence not divisible by three

The problem is, this is a coding sequence that we work for long time now and it is divisible in codons (presents even the start and stop codon there). So, I do not know what is misinterpreted by the package. I look forward to hearing from you.

Lingua principale
Jupyter Notebook
Stelle
38
Fork
11
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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