add QC using morphology images and/or transcript coordinates
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 25/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia esaminando i dati disponibili di morphology.ome.tif, morphology_focus/ e le coordinate z dei trascritti, quindi valuta SpatialData come possibile percorso di ingestione. Definisci quali caratteristiche dei dati grezzi siano informative e come si integrino nella pipeline di QC; il lavoro è considerato completato quando tali caratteristiche sono state ingerite, apprese e incluse nel QC.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
There may be additional QC features that can be learned from other raw data, i.e. from morphology.ome.tif or morphology_focus/, or from transcript z-coordinates.
- Ingest some of this data (using SpatialData, for example)
- Learn some informative features
- Add it to QC pipeline
- Lingua principale
- Jupyter Notebook
- Stelle
- 7
- Fork
- 8
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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