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Dépôts de tseemann

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tseemann/seekaPerl

Get microbial sequence data easier and faster

Dernier commit 7 nov. 2019

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tseemann/seerC++

sequence element (kmer) enrichment analysis

Dernier commit 23 mars 2017

 (0 stars) (0 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/seqtkC

Toolkit for processing sequences in FASTA/Q formats

Dernier commit 6 oct. 2019

 (1 star) (0 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/shovillPerl

⚡♠️ Assemble bacterial isolate genomes from Illumina paired-end reads

Dernier commit 13 déc. 2025

 (261 stars) (48 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/simuvar

Simulate variants of bacterial genomes for testing SNP callers

Dernier commit 17 juil. 2017

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tseemann/sixessShell

🔬🐛 Rapid 16s rRNA identification from isolate FASTQ files

Dernier commit 24 avr. 2018

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tseemann/skrilla

It ain't all about skrilla

Dernier commit 22 mai 2020

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tseemann/skrofulaPerl

Yet another M.tuberculosis typing and resistance tool, but for the impatient (not in-patient)

Dernier commit 2 mars 2020

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tseemann/snasmPerl

Assembly based core SNP alignments

Dernier commit 10 oct. 2025

 (8 stars) (0 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/snippaPerl

Experimental modular bacterial SNP calling pipeline

Dernier commit 1 avr. 2018

 (2 stars) (0 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/snippyPerl

:scissors: :zap: Rapid haploid variant calling and core genome alignment

Dernier commit 12 déc. 2025

 (586 stars) (123 forks) (4 issues indexées) (4 good first issues ouvertes)
tseemann/snp-distsC

Pairwise SNP distance matrix from a FASTA sequence alignment

Dernier commit 31 déc. 2025

 (155 stars) (32 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/snp-sitesC

Finds SNP sites from a multi-FASTA alignment file

Dernier commit 9 juin 2020

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tseemann/spadesC++

SPAdes Genome Assembler http://cab.spbu.ru/spades

Dernier commit 30 mai 2016

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tseemann/spekkiPython

Species prediction from NGS reads

Dernier commit 29 août 2017

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tseemann/spuddyPerl

🥔🐶 Species detection buddy

Dernier commit 29 janv. 2026

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tseemann/sweet-fxC

FastQ/FastA NGS read file tools

Dernier commit 4 nov. 2012

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tseemann/tabixppC++

C++ wrapper to tabix indexer

Dernier commit 13 mars 2015

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tseemann/tiptoftPython

Predict plasmids from uncorrected long read data

Dernier commit 27 sept. 2018

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tseemann/trenchaPerl

Normalize VCF depth for Illumina GC bias

Dernier commit 25 févr. 2020

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