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tseemann/canuC++

A single molecule sequence assembler for genomes large and small.

Dernier commit 6 nov. 2019

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tseemann/cdhitPerl

Automatically exported from code.google.com/p/cdhit

Dernier commit 26 mars 2019

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tseemann/cfml-maskrcPython

Masks recombinant regions in an alignment based on ClonalFrameML output

Dernier commit 22 juil. 2016

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tseemann/cgmlst-distsC

🐻⇔🐨 Calculate distance matrix from ChewBBACA cgMLST allele call tables

Dernier commit 12 févr. 2026

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tseemann/coginator

Assign COGs to protein sequences

Dernier commit 29 avr. 2015

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tseemann/cortexC

reference free variant assembly

Dernier commit 22 févr. 2018

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tseemann/dehomopolymerateC

Collapse sequence homopolymers to a single character

Dernier commit 7 févr. 2026

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tseemann/easy-web-blast

Dernier commit 10 janv. 2013

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tseemann/ekidnaPerl

Assembly based core genome SNP alignments for bacteria

Dernier commit 23 oct. 2019

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tseemann/fasterqcPerl

A non-Java alternative to the classic FastQC tool

Dernier commit 14 juin 2018

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tseemann/freebayesC++

Bayesian haplotype-based polymorphism discovery and genotyping.

Dernier commit 11 mars 2015

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tseemann/galaxy_wrappersHTML

Repo for my galaxy wrappers and associated packages

Dernier commit 4 juin 2016

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tseemann/gard

🍆 💊 Gonococcal Antimicrobial Resistance Detection

Dernier commit 21 févr. 2017

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tseemann/gatherseqPerl

Orgamize your folders of WGS files

Dernier commit 22 nov. 2025

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tseemann/gbk2bcfgff

Convert Genbank to GFF compatible with "bcftools csq"

Dernier commit 8 avr. 2023

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tseemann/govaluateGo

Arbitrary expression evaluation for golang

Dernier commit 22 oct. 2017

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tseemann/heterik

Estimate heterozygosity or mixture level of a bacterial WGS sample

Dernier commit 23 mars 2021

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tseemann/homebrew-bioRuby

:beer::microscope: Bioinformatics formulae for the Homebrew and Linuxbrew package managers

Dernier commit 27 août 2020

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tseemann/homebrew-bioinformatics-linuxRuby

:beer: :penguin: Homebrew formulae for bioinformatics software only available for Linux

Dernier commit 23 août 2019

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tseemann/homebrew-coreRuby

🍻 Default formulae for the missing package manager for macOS

Dernier commit 2 avr. 2020

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