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Dépôts de tseemann

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tseemann/mokka

Annotate your metagenome assemblies

Dernier commit 19 juil. 2018

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tseemann/mrepsC

mreps: software for tandem repeat identification in DNA

Dernier commit 28 oct. 2019

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tseemann/noaryPerl

🍣 🦐 A lightweight nucleotide bacterial ortholog clustering tool

Dernier commit 2 oct. 2019

 (7 stars) (2 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/nullarborPerl

:floppy_disk: :page_with_curl: "Reads to report" for public health and clinical microbiology

Dernier commit 3 août 2020

 (144 stars) (39 forks) (6 issues indexées) (6 good first issues ouvertes)
tseemann/oasesC

De novo transcriptome assembler for short reads

Dernier commit 14 mars 2015

 (0 stars) (0 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/panitoC

Calculate genome wide average nucleotide identity (gwANI) for a multiFASTA alignment

Dernier commit 8 mai 2017

 (1 star) (2 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/perl-biotoolPerl

🐫 🐪 Small pure Perl5 libraries for writing command line bioinformatics tools

Dernier commit 12 nov. 2019

 (3 stars) (0 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/phastafPerl

Identify phage regions in bacterial genomes for masking purposes

Dernier commit 5 sept. 2019

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tseemann/piggyPerl

Pan intergenic

Dernier commit 23 mai 2017

 (1 star) (0 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/polishaPerl

Fix small assembly errors using Illumina reads

Dernier commit 9 août 2020

 (4 stars) (0 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/polyfixPerl

🔪⛓️ Repair nanopore assemblies using related genome(s)

Dernier commit 19 août 2019

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tseemann/prokkaPerl

:zap: :aquarius: Rapid prokaryotic genome annotation

Dernier commit 6 janv. 2026

 (977 stars) (236 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/psortemPerl

Parallel external merge sort

Dernier commit 29 janv. 2026

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tseemann/pykmerPython

A pure python toolkit for k-mer manipulation

Dernier commit 23 nov. 2016

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tseemann/quicktreeC

Fast implementation of the neighbour-joining phylogenetic inference method

Dernier commit 9 avr. 2017

 (3 stars) (1 fork) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/ragnarokka

Annotate and correct erro-prone ONT genomes

Dernier commit 21 juin 2021

 (4 stars) (0 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/saffrontreePython

SaffronTree: Reference free rapid phylogenetic tree construction from raw read data

Dernier commit 11 mars 2017

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tseemann/samclipPerl

Filter SAM file for soft and hard clipped alignments

Dernier commit 31 déc. 2025

 (53 stars) (10 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/scapperPerl

Whole genome core alignments from multiple draft genomes

Dernier commit 14 sept. 2016

 (13 stars) (3 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/scriptsPerl

Miscellaneous Perl scripts from 20 years in microbial bioinformatics

Dernier commit 16 juil. 2024

 (18 stars) (0 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)