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tseemann/.github

Summary of the torstyverse bioinformatics softwate suite

Dernier commit 8 févr. 2026

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tseemann/2013-caltech-workshopPython

Dernier commit 31 oct. 2013

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tseemann/ClonalFrameMLC++

ClonalFrameML: Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes

Dernier commit 27 août 2019

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tseemann/FriPanJavaScript

Interactive, web tool for exploring pan-genome of bacterial strains

Dernier commit 21 mars 2017

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tseemann/GraphAlignerC++

Dernier commit 7 oct. 2019

 (1 star) (0 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/MUMmer3C++

MUMmer3

Dernier commit 30 avr. 2013

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tseemann/MapCallerC

MapCaller – An efficient and versatile approach for short-read alignment and variant detection in high-throughput sequenced genomes

Dernier commit 16 févr. 2020

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tseemann/MashC++

Fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

Dernier commit 18 oct. 2019

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tseemann/PEARC

Pair-End AssembeR

Dernier commit 16 avr. 2014

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tseemann/PEATC++

An ultra fast and accurate paired-end adapter trimmer that needs no a priori adapter sequences.

Dernier commit 4 mars 2015

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tseemann/PIRATEPerl

A toolbox for pangenome analysis and threshold evaluation.

Dernier commit 30 sept. 2019

 (2 stars) (2 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/ProdigalC

Prodigal Gene Prediction Software

Dernier commit 18 févr. 2015

 (0 stars) (0 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/RoaryPerl

Rapid large-scale prokaryote pan genome analysis

Dernier commit 1 nov. 2019

 (3 stars) (1 fork) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/SeqSeroPython

Salmonella serotyping from genome sequencing data

Dernier commit 3 sept. 2018

 (1 star) (1 fork) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/SpartanBioinformaticsHTML

Dernier commit 27 mai 2019

 (1 star) (0 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/TBProfilerPython

Profiling tool for Mycobacterium tuberculosis to detect ressistance and strain type from WGS data

Dernier commit 5 mars 2020

 (2 stars) (0 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/TOASTShell

The Other Alternative Sequence Type

Dernier commit 27 févr. 2026

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tseemann/TZMDPerl

Dernier commit 10 oct. 2018

 (0 stars) (0 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/UnicyclerC++

hybrid assembly pipeline for bacterial genomes

Dernier commit 21 oct. 2019

 (0 stars) (1 fork) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)
tseemann/VelvetOptimiserPerl

:chart_with_upwards_trend: Automatically optimise three of Velvet's assembly parameters.

Dernier commit 21 déc. 2017

 (50 stars) (17 forks) (0 issues indexées) (0 good first issues ouvertes)