Hacktoberfest 2026 : les issues que les mainteneurs ont marquées pour octobre, ouvertes et accessibles aux débutants. Parcourir les issues Hacktoberfest

render_labels raises IndexError when the table has rows for instances absent from the mask

Ouverte Adaptée aux débutants
  • Quelque chose ne va pas ?
#775 0 commentaires 0 réactions 0 personnes assignées Voir sur GitHub

Personne n'a encore pris cette issue.

Évaluation

Difficulté
2/5
Temps estimé
1-3 heures
Accessibilité débutants
84/100
Type d'issue
Bug
Clarté
Clairement spécifiée
Activité
Active
Stack technique
numpy, pandas, python
Domaine
data-visualization

Piste de recherche

Exécutez la reproduction Python fournie, puis inspectez spatialdata_plot/pl/render.py autour de la ligne 2409 et spatialdata_plot/pl/_color.py autour de la ligne 791. Suivez la manière dont le masque labels et les vecteurs ColorSpec sont filtrés ; le travail est terminé lorsque render_labels(color=...) gère les lignes de la table absentes de labels sans générer d’IndexError, tout en conservant le comportement existant pour les lignes correspondantes.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

A table may annotate instances that no longer exist in the labels element — e.g. objects lost when segmentation is regenerated, or a table read from an upstream pipeline. render_labels(color=...) then fails instead of treating them as missing.

import anndata as ad, numpy as np, pandas as pd, spatialdata as sd, spatialdata_plot  # noqa
from spatialdata.models import Labels2DModel, TableModel

labels = np.zeros((16, 16), np.uint32)
labels[2:6, 2:6] = 1
labels[8:12, 8:12] = 2

obs = pd.DataFrame({"instance_id": [1, 2, 3], "region": pd.Categorical(["labels"] * 3)})
obs.index = obs.index.astype(str)
table = TableModel.parse(
    ad.AnnData(np.zeros((3, 1), np.float32), obs=obs),
    region="labels", region_key="region", instance_key="instance_id",
)
table.obs["value"] = [1.0, 2.0, 3.0]

sdata = sd.SpatialData(
    labels={"labels": Labels2DModel.parse(labels, dims=("y", "x"))},
    tables={"table": table},
)
sdata.pl.render_labels("labels", color="value", table_name="table").pl.show()

IndexError: boolean index did not match indexed array along axis 0;
size of axis is 2 but size of corresponding boolean axis is 3

The mask is computed from the instance ids present in the labels, but ColorSpec.source_vector/color_vector still have one entry per table row, so ColorSpec.filter indexes a length-2 array with a length-3 mask:

spatialdata_plot/pl/render.py:2409 → spatialdata_plot/pl/_color.py:791

Rendering without color works, as does dropping the unmatched rows from the table.

spatialdata 0.8.0, spatialdata-plot 0.4.2, Python 3.14.

Langage dominant
Python
Étoiles
86
Forks
21
Merge moyen
4 h 58 min
PR mergées (30 j)
2

Préparer son environnement

Par où commencer

  1. Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
  2. Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
  3. Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
  4. Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.

Autres issues de scverse/spatialdata-plot

Toutes les issues de scverse/spatialdata-plot

Issues similaires

Plus d'issues Python

Recevez les nouvelles issues par e-mail

Un résumé court des issues GitHub adaptées aux débutants.