render_labels raises IndexError when the table has rows for instances absent from the mask

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Avaliação

Dificuldade
2/5
Tempo estimado
1-3 horas
Facilidade para iniciantes
84/100
Tipo de issue
Bug
Clareza
Claramente especificada
Status de atividade
Ativa
Stack de tecnologia
numpy, pandas, python
Domínio
data-visualization

Direção de pesquisa

Execute a reprodução em Python fornecida e, em seguida, inspecione spatialdata_plot/pl/render.py por volta da linha 2409 e spatialdata_plot/pl/_color.py por volta da linha 791. Acompanhe como a máscara de labels e os vetores de ColorSpec são filtrados; considera-se concluído quando render_labels(color=...) lida com linhas da tabela ausentes em labels sem gerar IndexError, mantendo o comportamento existente para as linhas correspondentes.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Descrição

A table may annotate instances that no longer exist in the labels element — e.g. objects lost when segmentation is regenerated, or a table read from an upstream pipeline. render_labels(color=...) then fails instead of treating them as missing.

import anndata as ad, numpy as np, pandas as pd, spatialdata as sd, spatialdata_plot  # noqa
from spatialdata.models import Labels2DModel, TableModel

labels = np.zeros((16, 16), np.uint32)
labels[2:6, 2:6] = 1
labels[8:12, 8:12] = 2

obs = pd.DataFrame({"instance_id": [1, 2, 3], "region": pd.Categorical(["labels"] * 3)})
obs.index = obs.index.astype(str)
table = TableModel.parse(
    ad.AnnData(np.zeros((3, 1), np.float32), obs=obs),
    region="labels", region_key="region", instance_key="instance_id",
)
table.obs["value"] = [1.0, 2.0, 3.0]

sdata = sd.SpatialData(
    labels={"labels": Labels2DModel.parse(labels, dims=("y", "x"))},
    tables={"table": table},
)
sdata.pl.render_labels("labels", color="value", table_name="table").pl.show()

IndexError: boolean index did not match indexed array along axis 0;
size of axis is 2 but size of corresponding boolean axis is 3

The mask is computed from the instance ids present in the labels, but ColorSpec.source_vector/color_vector still have one entry per table row, so ColorSpec.filter indexes a length-2 array with a length-3 mask:

spatialdata_plot/pl/render.py:2409 → spatialdata_plot/pl/_color.py:791

Rendering without color works, as does dropping the unmatched rows from the table.

spatialdata 0.8.0, spatialdata-plot 0.4.2, Python 3.14.

Linguagem predominante
Python
Estrelas
86
Forks
21
Merge médio
14h 50min
PRs com merge (30d)
3

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