scverse/annbatch

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Minibatch loading for on-disk anndata files, co-developed by Lamin Labs and scverse

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已索引 issue: 26
平均合并: 17 小时 33 分钟
30 天内合并 PR: 8

主要语言: Python
许可证: MIT
最近 GitHub push: 2026年9月18日
最近索引: 2026年9月19日
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Some bugs I found while reviewing a PR 未关闭

bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

scverse/annbatch#278 · 2026年9月19日创建
`ClassSampler` only draws cat ~ Cats; batch ~ cat; exactly iff `batch_size % chunk_size == 0` 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

scverse/annbatch#271 · 2026年9月9日创建
Support for non-spatial multimodal data 未关闭

enhancement

scverse/annbatch#266 · 1 条评论 · 已指派 2 人 · 2026年8月26日创建
Possible overflow in np.diff usages with unsigned integers 未关闭

scverse/annbatch#259 · 已指派 1 人 · 2026年7月23日创建
Investigate Double Buffering 未关闭

enhancement question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

scverse/annbatch#220 · 2026年6月3日创建
Revisit shuffle-before-persist ordering in DatasetCollection writes 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

scverse/annbatch#194 · 2026年4月16日创建
Validate categorical consistency across all obs columns when building or extending DatasetCollection 未关闭

scverse/annbatch#193 · 6 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年4月16日创建
Improve `Sampler` Parameter Documentation 未关闭

enhancement

scverse/annbatch#178 · 已指派 1 人 · 2026年3月25日创建
Multiple workers with replacement sampling 未关闭

enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

scverse/annbatch#173 · 2026年3月25日创建
`hdf5` support via `virtualizarr` 未关闭

enhancement

scverse/annbatch#138 · 1 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年2月5日创建
Concatenating and other operations without dask 未关闭

enhancement

scverse/annbatch#120 · 已指派 1 人 · 2026年1月22日创建
Handling different var spaces in `Loader 未关闭

enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

scverse/annbatch#110 · 2026年1月15日创建
Use a buffer pools for reads from disk + in-memory shuffling 未关闭

enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

scverse/annbatch#105 · 2026年1月6日创建
Supporting multiple `layers`, `X`, `obsm` etc. 未关闭

enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

scverse/annbatch#91 · 3 条评论 · 2025年12月4日创建
Questions and deciding between scDataset and annbatch 未关闭

question

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

scverse/annbatch#90 · 3 条评论 · 2025年12月3日创建
Making the output datasets of `add_to_collection` split-able 未关闭

enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

scverse/annbatch#88 · 2025年11月20日创建
Custom indexes 未关闭

enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 28/100

scverse/annbatch#87 · 3 条评论 · 2025年11月20日创建
Handle categoricals + `obs` better in preprocessing 未关闭

enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

scverse/annbatch#84 · 2025年11月11日创建
Outputting Data to Multiple GPUs 未关闭

enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

scverse/annbatch#56 · 2025年10月7日创建
`Loader` handling of var spaces 未关闭

enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

scverse/annbatch#33 · 2025年9月12日创建
Benchmark different compression settings 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

scverse/annbatch#8 · 2025年6月24日创建
Baseline Benchmarks 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

scverse/annbatch#5 · 2025年6月20日创建
Benchmark randomness vs performance tradeoff 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

scverse/annbatch#4 · 2025年6月20日创建
Improve the shuffling/preprocessing code 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

scverse/annbatch#3 · 2025年6月20日创建
Understand Sparse vs. Dense Tradeoff 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

scverse/annbatch#2 · 2025年6月20日创建

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