SpikeInterface

Les issues sur lesquelles quelqu’un travaille peut-être déjà sont listées en dernier. Tout trier par date

• Cannot load previously-loadable Open Ephys Neuropixels 2 data (XML file issue)

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 58/100

  SpikeInterface/probeinterface#469 · 2 commentaires · Ouverte le 16/9/2026

• GatherToNpy/Zarr could pre-allocate stores when number of spike is known

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  performance

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 55/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4787 · Ouverte le 16/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Support pobes whose geometry is chosen at order time

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  SpikeInterface/probeinterface_library#81 · Ouverte le 15/9/2026

• Lets keep in mind that changing the spike dtype could break the numba kernel

  Ouverte

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 30/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4781 · 1 commentaire · Ouverte le 15/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• DartSort: optimize strategy to retrieve `main_channel_id` from sorting

  Ouverte

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  performance sorters

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 30/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4777 · Ouverte le 14/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Extend postprocessing/metrics extensions tests for `SortingAnalyzer` with no units

  Ouverte

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  testing

  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 68/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4756 · Ouverte le 3/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• probe plotting feature request

  Ouverte

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 68/100

  SpikeInterface/probeinterface#465 · Ouverte le 31/8/2026

• bad channel detection `psd_hf_threshold` units documentation

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  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 74/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4745 · Ouverte le 28/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Training a curation model with metrics from older version fail

  Ouverte

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 55/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4742 · 1 commentaire · Ouverte le 27/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Bad channel detection: widget for manual threshold determination

  Ouverte

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 55/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4738 · Ouverte le 25/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Cleaning up units?

  Ouverte

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  curation question

  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4726 · 2 commentaires · Ouverte le 31/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Add shank thickness to definition

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 62/100

  SpikeInterface/probeinterface_library#73 · 5 commentaires · Ouverte le 30/7/2026

• Overview (HD-)MEA's in terms of density

  Ouverte

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 30/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4722 · Ouverte le 30/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Tracking: Efficient Lazy/Chronic Computations in SortingAnalyzer

  Ouverte

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  chronic performance

  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4719 · Ouverte le 28/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Add `slidingRP` optional dependency

  Ouverte

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  dependencies discussion metrics

  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4704 · 1 commentaire · Ouverte le 21/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Sorting simple queries should not force full data reading

  Ouverte

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4702 · 1 réaction · Ouverte le 20/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• `Sortinganalyzer.select_channels()`: update select_channel_extension_data for waveforms/PCA

  Ouverte

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  core

  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 58/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4700 · Ouverte le 20/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• NWBSortingExtractor: pre-populate `_cached_lexsorted_spike_vector` when building spike vector

  Peut-être à nouveau libre @h-mayorquin l’a pris il y a 71 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  extractors performance

  SpikeInterface/spikeinterface#4698 · 2 personnes assignées · Ouverte le 17/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Rename `MockRecording` to `SimpleNoiseRecording` and handle : gain + pregenerated/on_the_fly.

  Peut-être à nouveau libre @h-mayorquin l’a pris il y a 71 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  core

  SpikeInterface/spikeinterface#4697 · 1 personne assignée · Ouverte le 17/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Question: Is possible/reasonable to include "select_peaks" to run_node_pipeline?

  Ouverte

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  question

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 42/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4694 · 3 commentaires · Ouverte le 17/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Sorters should set `main_channel_id` property, when available

  Peut-être à nouveau libre @chrishalcrow l’a pris il y a 74 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  core

  SpikeInterface/spikeinterface#4692 · 1 personne assignée · Ouverte le 14/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• CambridgeNeurotech ASSY-325D H10 & E-1 probes inconsistent with documentation

  Ouverte

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

  SpikeInterface/probeinterface_library#67 · 1 commentaire · Ouverte le 11/7/2026

• What should `to_reordered_spike_vector` do?

  Ouverte

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4683 · 4 commentaires · Ouverte le 10/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Move `sortingcomponents` out of `spikeinterface`

  Ouverte

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  discussion

  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4669 · 5 commentaires · Ouverte le 9/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• export_to_phy vs using kilosort sorter output params.py directly

  Ouverte

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  exporters

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4635 · 2 commentaires · Ouverte le 1/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Template metrics seems to assume negative polarity, causing incorrect "peak_to_trough_duration" and "halfwidth" for positive units

  Ouverte

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  metrics question

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4634 · 6 commentaires · Ouverte le 1/7/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Add shank thickness to the Probe model

  Ouverte

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 48/100

  SpikeInterface/probeinterface#452 · 1 commentaire · Ouverte le 24/6/2026

• Extracting recording from multiwell

  Ouverte

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  NEO

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 38/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4625 · 6 commentaires · Ouverte le 24/6/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Recordings with 'impossible' neuron positions

  Ouverte

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

  SpikeInterface/MEArec#188 · Ouverte le 23/6/2026

• Rec group set to shank_id in NP 2.0 multishank, but to probe_id for NP 1.0

  Ouverte

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  question

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

  SpikeInterface/probeinterface#449 · 7 commentaires · Ouverte le 19/6/2026

• Slice Probe and ProbeGroup by stable identifiers, not positional integers

  Ouverte

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  SpikeInterface/probeinterface#447 · 2 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 13/6/2026

• Proposal: Add anti-aliasing option to decimate()

  Ouverte

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  preprocessing

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 55/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4605 · 2 commentaires · Ouverte le 2/6/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Iterative Isosplit doesn't work with SpykingCircus2

  Ouverte

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  sorters

  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 68/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4604 · Ouverte le 2/6/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Question about LFP scaling and units in export_to_ibl_gui()

  Ouverte

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  exporters

  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 42/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4603 · 1 commentaire · Ouverte le 2/6/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• State of Neuropixels support in SpikeGadgets/Trodes

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  SpikeInterface/probeinterface#444 · Ouverte le 22/5/2026

• `read_spikegadgets_neuropixels` applies a display offset to multi-probe geometry; should it?

  Ouverte

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  SpikeInterface/probeinterface#442 · Ouverte le 22/5/2026

• Clarify scope of `valid_unit_periods` extension and the `periods` argument in metric extensions

  Ouverte

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4590 · 1 commentaire · Ouverte le 20/5/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Aligning waveforms across spike clusters/templates

  Ouverte

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  SpikeInterface/spikeinterface#4582 · 1 commentaire · Ouverte le 15/5/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• correlograms with swapped indices are not mirrored versions of each other

  Ouverte

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  SpikeInterface/spikeinterface#4576 · 1 commentaire · Ouverte le 7/5/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• docker, kilosort4, blackwell

  Peut-être à nouveau libre @alejoe91 l’a pris il y a 138 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  SpikeInterface/spikeinterface-dockerfiles#91 · 1 personne assignée · Ouverte le 28/4/2026

• Creating a sparse analyzer with multiprocessing crashes if sorting has a lot of units

  Ouverte

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 38/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4566 · 2 commentaires · Ouverte le 27/4/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Feature Request: Making order = np.argsort(device_channel_indices) optional

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 52/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4565 · 11 commentaires · Ouverte le 25/4/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• combine_probes lose 'device_channel_indices'

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  SpikeInterface/probeinterface#431 · 1 commentaire · Ouverte le 25/4/2026

• Very large difference in sorting using SC2 vs Lupin with dense recordings

  Ouverte

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  SpikeInterface/spikeinterface#4561 · 3 commentaires · Ouverte le 23/4/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• `aggregate_channels` does not re-index per-channel identifier columns

  Ouverte

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  bug

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 50/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4546 · 1 commentaire · Ouverte le 21/4/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• `ProbeGroup` should enforce contact position uniqueness across probes

  Ouverte

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 56/100

  SpikeInterface/probeinterface#422 · Ouverte le 17/4/2026

• Remove the strategy argument from the noise generators

  Ouverte

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  SpikeInterface/spikeinterface#4522 · 2 commentaires · 1 réaction · Ouverte le 16/4/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Copy recording on `register_recording` to avoid shared mutation

  Ouverte

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  SpikeInterface/spikeinterface#4519 · 2 commentaires · Ouverte le 16/4/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Lupin clustering distant spikes

  Ouverte

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  question

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4517 · 4 commentaires · Ouverte le 15/4/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Make `num_channels` available on `BaseRecordingSegment`

  Ouverte

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  enhancement

  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 72/100

  SpikeInterface/spikeinterface#4510 · 2 commentaires · Ouverte le 14/4/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour