writer functions do not perform sanity checks + use misleading options for writing tsv
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
Personne n'a encore pris cette issue.
Évaluation
- Difficulté
- 4/5
- Temps estimé
- 3-5 jours
- Accessibilité débutants
- 35/100
Piste de recherche
Start with the dedicated writer entry points mentioned, such as petab.conditions.write_condition_df, and trace their pd.to_csv options alongside the corresponding readers. Compare the output with the PEtab specification and verify that imported DataFrames do not gain an Unnamed 0 column. Done means the writers perform the required sanity checks and use consistent TSV-writing options.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
When having dedicated writer functions such as petab.conditions.write_condition_df etc, I would actually expect that they perform some kind of sanity check on the output. Having pretty bare wrappers around pd.to_csv doesn't seem to helpful, especially since the writers use index=True, which is not consistent with the providede spec and, since the readers don't use index_col=0, leaves an Unnamed 0 column in the imported DataFrame.
- Langage dominant
- Python
- Étoiles
- 18
- Forks
- 9
- Merge moyen
- 1 j 21 h
- PR mergées (30 j)
- 25
Préparer son environnement
- Aucun Dockerfile ni fichier Docker Compose
- Aucun modèle de pull request
- Lire le guide de contribution
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
Autres issues de PEtab-dev/libpetab-python
-
`petab1to2`: random column name for pre-existing `experimentId` columnPeut-être pris @dweindl l’a pris il y a 1 jour. Ouverte
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 82/100
PEtab-dev/libpetab-python#568 · 1 personne assignée ·
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
-
`petab_files_1to2` keeps a stale model file when converting into a non-empty output directoryOuverte
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 73/100
PEtab-dev/libpetab-python#566 ·
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
-
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 72/100
PEtab-dev/libpetab-python#549 ·
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
-
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 72/100
PEtab-dev/libpetab-python#525 ·
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
-
`petablint` fails for PEtab v2 problems with only warningsPeut-être pris @dweindl l’a pris il y a 1 jour. Ouverte
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 35/100
PEtab-dev/libpetab-python#567 · 1 personne assignée ·
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
Toutes les issues de PEtab-dev/libpetab-python
Issues similaires
-
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 78/100
sylvainmetayer/homelab#851 ·
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
-
needs triage
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 78/100
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
-
Add `ty-pre-commit` hookOuverte
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 65/100
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour
-
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 85/100
kubeflow/docs-agent#279 ·
Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours
-
enhancement
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 67/100
Qiskit/qiskit-ibm-runtime#3523 ·
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour