Hacktoberfest 2026 : les issues que les mainteneurs ont marquées pour octobre, ouvertes et accessibles aux débutants. Parcourir les issues Hacktoberfest

julia PyPlot support missing data

Ouverte
  • Quelque chose ne va pas ?
#593 2 commentaires 0 réactions 0 personnes assignées Voir sur GitHub

@deszoeke y travaille déjà.

Depuis le 10/12/2024.

  • #596 par @deszoeke — ouverte

Évaluation

Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Accessibilité débutants
45/100
Type d'issue
Fonctionnalité
Clarté
Plutôt claire
Activité
À l'abandon
Stack technique
julia, python
Domaine
data-visualization

Piste de recherche

Commencez dans src/PyPlot.jl, autour des points d’entrée de plot aux lignes 190-194 indiquées dans la traceback, puis suivez la manière dont les valeurs Julia sont transmises à matplotlib via PyCall. Le travail est terminé lorsque plot([0, missing, 2]) ne déclenche plus l’erreur signalée, que les valeurs missing sont omises comme NaN et qu’un bref avertissement est émis.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

Passing a value of missing, a first class type in Julia Base, to matplotlib should simply not the plot missing data. It should handle missing just like it presently does NaN.

However, passing a missing to matplotlib results in long and unhelpful errors from PyPlot and matplotlib:

plot([0,missing,2])

ERROR: PyError ($(Expr(:escape, :(ccall(#= ~/.julia/packages/PyCall/1gn3u/src/pyfncall.jl:43 =# @pysym(:PyObject_Call), PyPtr, (PyPtr, PyPtr, PyPtr), o, pyargsptr, kw))))) <class 'TypeError'>
TypeError("float() argument must be a string or a real number, not 'PyCall.jlwrap'")
  File "mypath/python3.12/site-packages/matplotlib/pyplot.py", line 3794, in plot
    return gca().plot(
           ^^^^^^^^^^^
  File "/mypath/python3.12/site-packages/matplotlib/axes/_axes.py", line 1781, in plot
    self.add_line(line)
  File "/mypath/python3.12/site-packages/matplotlib/axes/_base.py", line 2339, in add_line
    self._update_line_limits(line)
  File "/mypath/python3.12/site-packages/matplotlib/axes/_base.py", line 2362, in _update_line_limits
    path = line.get_path()
           ^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/mypath/python3.12/site-packages/matplotlib/lines.py", line 1037, in get_path
    self.recache()
  File "/mypath/python3.12/site-packages/matplotlib/lines.py", line 679, in recache
    y = _to_unmasked_float_array(yconv).ravel()
        ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/mypath/python3.12/site-packages/matplotlib/cbook.py", line 1398, in _to_unmasked_float_array
    return np.asarray(x, float)
           ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

Stacktrace:
  [1] pyerr_check
    @ ~/.julia/packages/PyCall/1gn3u/src/exception.jl:75 [inlined]
  [2] pyerr_check
    @ ~/.julia/packages/PyCall/1gn3u/src/exception.jl:79 [inlined]
  [3] _handle_error(msg::String)
    @ PyCall ~/.julia/packages/PyCall/1gn3u/src/exception.jl:96
  [4] macro expansion
    @ ~/.julia/packages/PyCall/1gn3u/src/exception.jl:110 [inlined]
  [5] #107
    @ ~/.julia/packages/PyCall/1gn3u/src/pyfncall.jl:43 [inlined]
  [6] disable_sigint
    @ ./c.jl:473 [inlined]
  [7] __pycall!
    @ ~/.julia/packages/PyCall/1gn3u/src/pyfncall.jl:42 [inlined]
  [8] _pycall!(ret::PyObject, o::PyObject, args::Tuple{Vector{Union{Missing, Int64}}}, nargs::Int64, kw::Ptr{Nothing})
    @ PyCall ~/.julia/packages/PyCall/1gn3u/src/pyfncall.jl:29
  [9] _pycall!
    @ ~/.julia/packages/PyCall/1gn3u/src/pyfncall.jl:11 [inlined]
 [10] pycall
    @ ~/.julia/packages/PyCall/1gn3u/src/pyfncall.jl:83 [inlined]
 [11] plot(args::Vector{Union{Missing, Int64}}; kws::@Kwargs{})
    @ PyPlot ~/.julia/packages/PyPlot/rWSdf/src/PyPlot.jl:194
 [12] plot(args::Vector{Union{Missing, Int64}})
    @ PyPlot ~/.julia/packages/PyPlot/rWSdf/src/PyPlot.jl:190
 [13] top-level scope
    @ REPL[56]:1

For years I have wrapped my inputs to matplotlib in the helper function

m2n(x) = ismissing(x) ? NaN : x

It is awkward.

I propose then, that

  1. missing values are simply (not) plotted, just like NaNs.
  2. a brief warning catch and warn the user of missings in the data.

The proposed change will make PyPlot more compatible with Julia and Plots.jl, cf.
https://github.com/JuliaPlots/Plots.jl/issues/1706

I expect this will not break most cases, because missing is just a newer use pattern than NaN for missing data.

Langage dominant
Julia
Étoiles
489
Forks
90
Aucune PR mergée en 30 j

Préparer son environnement

Ce projet ne fournit ni conteneur de développement, ni Dockerfile, ni guide de contribution : l'installation est à votre charge. Commencez par son README, et consultez notre guide de la première contribution pour les étapes générales.

Par où commencer

  1. Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
  2. Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
  3. Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
  4. Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.

Autres issues de JuliaPy/PyPlot.jl

Toutes les issues de JuliaPy/PyPlot.jl

Issues similaires

Plus d'issues Julia

Recevez les nouvelles issues par e-mail

Un résumé court des issues GitHub adaptées aux débutants.