Export formats

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Évaluation

Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Accessibilité débutants
35/100
Type d'issue
Fonctionnalité
Clarté
Plutôt claire
Activité
À l'abandon
Stack technique
sql, sqlite
Domaine
build-system, databases

Piste de recherche

Commencez par src/semsql/builder/build.Makefile, en particulier par le target principal autour de la ligne 51, et suivez comment rdftab, le relation-graph TSV, prefixes et sql_schema/semsql.sql alimentent le build SQLite. Définissez comment la commande de build sélectionne une sortie DSV ou SQLite, puis vérifiez que la sortie DSV ignore le chargement de SQLite tandis que le build de la base de données existante reste intact.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

As part of KBase's work with ontologies in semsql, it would be very handy to be able to export as DSV directly, rather than going via the sqlite database.

We could put together a file similar to build.Makefile to perform the conversions, but I am wary of changes being made in the semsql sqlite build process that we'd have to ensure that we kept up with. I was therefore wondering about adapting the current build command to export either DSV or sqlite, depending on what args it is given.

build.Makefile line 51 onwards:

# -- MAIN TARGET --
# A db is constructed from
# (1) triples loaded using rdftab
# (2) A relation-graph TSV
%.db: %.owl %-$(RGSUFFIX).tsv $(PREFIX_CSV_PATH)
	rm -f [email protected] && \
	cat $(THIS_DIR)/sql_schema/semsql.sql | sqlite3 [email protected] && \
	echo .exit | sqlite3 -echo [email protected] -cmd ".mode csv" -cmd ".import $(PREFIX_CSV_PATH) prefix" && \
	rdftab [email protected] < $< && \
	sqlite3 [email protected] -cmd '.separator "\t"' ".import $*-$(RGSUFFIX).tsv entailed_edge" && \
	gzip -f $*-$(RGSUFFIX).tsv && \
	cat $(THIS_DIR)/indexes/*.sql | sqlite3 [email protected] && \
	echo "ALTER TABLE statements ADD COLUMN graph TEXT;" | sqlite3 [email protected] && \
	(test -d views && find views -maxdepth 1 -name '$(notdir $*)*.sql' -type f -print0 | xargs -0 -I{} sh -c 'sqlite3 [email protected]< "$$1"' sh {} || echo no views ) && \
	mv [email protected] $@
.PRECIOUS: %.db

Alter this so that if the desired output is DSV, the rdftab command is run but the sqlite db loading is omitted. Relevant files, including prefixes, relation graph, and schema SQL could be moved to a directory together or something like that.

Langage dominant
Python
Étoiles
71
Forks
7
Aucune PR mergée en 30 j

Préparer son environnement

Par où commencer

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