Propriétaire

DReichLab

4 dépôts indexés · Voir sur GitHub

AdmixTools
Tools test whether admixture occurred and more

C · 235 étoiles
EIG
Eigen tools by Nick Patterson and Alkes Price lab

C · 207 étoiles
ADNA-Tools
This project is a collection of tools for bioinformatic processing of ancient DNA data at the Harvard Medical School Reich Lab.

Java · 30 étoiles
waldo

Python · 3 étoiles

Ouverte Toutes

Skeletal element category cannot be updated to empty in sample archaeology update form Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 82/100

DReichLab/waldo#300 · Ouverte le 16/7/2026
genetic_analysis_new results for controls Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 55/100

DReichLab/waldo#299 · Ouverte le 25/6/2026
Add Coverage Field to Sample Site Updater Upload Template Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 68/100

DReichLab/waldo#298 · Ouverte le 18/6/2026
single-stranded index hopping warnings Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

DReichLab/waldo#297 · Ouverte le 11/6/2026
Questions regarding D-statistic calculation with qpDstat in ADMIXTURE Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

DReichLab/AdmixTools#125 · 7 commentaires · Ouverte le 14/5/2026
Powder samples and powder batch after reassignment Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

DReichLab/waldo#296 · Ouverte le 29/4/2026
Picard MarkDuplicates barcodes Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 48/100

DReichLab/ADNA-Tools#8 · Ouverte le 27/4/2026
Assessments: provisional Ouverte

question

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

DReichLab/waldo#294 · Ouverte le 10/4/2026
Genetic ID uniqueness constraint's effect on genetic ID updates Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 42/100

DReichLab/waldo#293 · Ouverte le 9/4/2026
Archaeological Assemblage uniqueness Ouverte

archaeology

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 48/100

DReichLab/waldo#290 · Ouverte le 9/4/2026
S-IDs duplicated in Powder Batches Ouverte

bug

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 38/100

DReichLab/waldo#288 · Ouverte le 30/3/2026
Publications by DataInstance instead of GeneticAnalysis Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

DReichLab/waldo#286 · Ouverte le 30/3/2026
ENA entries by publication? Ouverte

question

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 45/100

DReichLab/waldo#285 · Ouverte le 30/3/2026
Genetic ID consistency with publication labels Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 48/100

DReichLab/waldo#284 · Ouverte le 27/3/2026
Publication bibtex field Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 55/100

DReichLab/waldo#283 · Ouverte le 26/3/2026
direct ROH Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

DReichLab/waldo#281 · Ouverte le 12/3/2026
Publication should be unique for genetic ID? Ouverte

archaeology

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 42/100

DReichLab/waldo#280 · Ouverte le 9/3/2026
show lost lysate with "lost" batch Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 68/100

DReichLab/waldo#278 · Ouverte le 2/3/2026
Powder batches do not show all powders Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

DReichLab/waldo#277 · 1 commentaire · Ouverte le 20/2/2026
Non-bam-analysis-related annotations not in database Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

DReichLab/waldo#276 · 1 commentaire · Ouverte le 19/2/2026
Batch upload form for sites / periods / cultures Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

DReichLab/waldo#272 · Ouverte le 19/2/2026
No way to assign representative contacts for external data in WALDO Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 38/100

DReichLab/waldo#271 · 1 commentaire · Ouverte le 19/2/2026
Sample powder remaining batch command Ouverte

DReichLab/waldo#265 · 3 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 9/2/2026
Publication for temporarily anonymized samples Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

DReichLab/waldo#263 · 1 commentaire · Ouverte le 5/2/2026
Sample special restrictions Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 42/100

DReichLab/waldo#262 · Ouverte le 4/2/2026
Paging samples does not preserve search GET parameters Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

DReichLab/waldo#261 · Ouverte le 2/2/2026
No Well ID Preventing Editing Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

DReichLab/waldo#259 · 3 commentaires · Ouverte le 21/1/2026
Relationships in annotation Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

DReichLab/waldo#258 · Ouverte le 4/1/2026
Tracking of Samples Sent Out of Lab or Used Up Ouverte

enhancement

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

DReichLab/waldo#252 · 1 commentaire · Ouverte le 8/12/2025
Powder Batches Are Missing In WALDO Ouverte

Urgent

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

DReichLab/waldo#250 · 2 commentaires · Ouverte le 3/12/2025
Unique FluidX barcodes across lysates and libraries Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

DReichLab/waldo#249 · Ouverte le 2/12/2025
questions about qpDstat Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

DReichLab/AdmixTools#123 · 2 commentaires · Ouverte le 18/11/2025
Question about extremely high Z-scores (Z = 100) in qpDstat results Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

DReichLab/AdmixTools#122 · 2 commentaires · Ouverte le 5/11/2025
Question about “duplicate in list” error and memory usage when running qpDstat Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

DReichLab/AdmixTools#121 · 1 commentaire · Ouverte le 4/11/2025
Anno file reports multiple samples Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

DReichLab/waldo#245 · Ouverte le 30/10/2025
individual table Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

DReichLab/waldo#242 · Ouverte le 27/10/2025
multiple collaborators per sample Ouverte

waiting

DReichLab/waldo#238 · 1 commentaire · 1 personne assignée · Ouverte le 6/10/2025
Question Regarding SNP Count After Merging Genotype Files Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

DReichLab/EIG#114 · 1 commentaire · Ouverte le 29/9/2025
catch newlines in validation Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

DReichLab/waldo#233 · Ouverte le 26/9/2025
DS no barcode only index alert Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

DReichLab/waldo#232 · Ouverte le 8/9/2025
Results with wrong plate pointers Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 38/100

DReichLab/waldo#231 · Ouverte le 14/8/2025
F2 utility in admixtools? Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

DReichLab/AdmixTools#117 · 3 commentaires · Ouverte le 26/7/2025
external extracts/libraries material accounting Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

DReichLab/waldo#227 · Ouverte le 10/7/2025
individual ID, sample pointers Ouverte

DReichLab/waldo#225 · 1 commentaire · 1 personne assignée · Ouverte le 26/6/2025
links from sample dates to periods, cultures, etc. Ouverte

archaeology

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 45/100

DReichLab/waldo#222 · Ouverte le 26/6/2025
Undefined behavior in PACKEDANCESTRYMAP hash code Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 48/100

DReichLab/EIG#113 · 1 commentaire · Ouverte le 19/6/2025
non-human samples Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 38/100

DReichLab/waldo#218 · Ouverte le 12/6/2025
Renaming batches Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

DReichLab/waldo#210 · Ouverte le 22/4/2025
Library batch add extracts Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 42/100

DReichLab/waldo#209 · Ouverte le 22/4/2025
How is estimated the genetic distance Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 20/100

DReichLab/EIG#112 · Ouverte le 22/4/2025

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