CLI reports.h5: repeated task without changes loses its iteration dimension
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
Línea de trabajo
Start with the synthetic archive SimulatorSupportsRepeatedTasksWithLinearUniformRanges/1.execution-should-succeed.omex under vcell-cli/src/test/resources/bsts-omex/synths/sedml/ and with BSTSBasedOmexExecTest, which currently checks only success. Then trace how the SED-ML importer turns a repeatedTask with no setValue changes into MathOverrides, and why the run collapses to one job. Done means the __repeated_task_report shape matches the expected [4, 2, 1, 11] and the test asserts report shapes.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Summary
A SED-ML repeatedTask that iterates without changing anything is reported without its iteration dimension.
The BioSimulators synthetic archive SimulatorSupportsRepeatedTasksWithLinearUniformRanges/1.execution-should-succeed.omex (in vcell-cli/src/test/resources/bsts-omex/synths/sedml/) has a repeated task over a 2-point uniformRange with no setValue changes. VCell writes __repeated_task_report with shape [4, 11]. BioSimulators expects [4, 2, 1, 11]: data sets × iterations × sub-tasks × time points.
The same happens for the other synthetic repeated-task archives I checked: Logarithmic, Vector, Functional, Nested and MultipleSubTasks ranges.
BSTSBasedOmexExecTest doesn't catch this because it only checks that execution succeeds, not the report shapes.
Likely cause
Repeated tasks become VCell parameter scans through MathOverrides. With no change targeting a parameter there is nothing to scan, so the run collapses to one job and the iteration axis disappears. This needs confirming in the SED-ML importer.
- Lenguaje dominante
- Java
- Estrellas
- 140
- Forks
- 35
- Merge medio
- 17 h 39 min
- PR fusionados (30 d)
- 19
Preparar el entorno
- Incluye un Dockerfile o un archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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