QuantOmexExecTest never compares HDF5 results

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Evaluación

Dificultad
2/5
Tiempo estimado
1-3 horas
Aptitud para principiantes
72/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bien especificado
Estado de actividad
Activo
Stack tecnológico
java, shell
Área
testing-qa

Línea de trabajo

Empieza en vcell-cli/src/test/java/org/vcell/cli/run/QuantOmexExecTest.java: el archivo de salida se lee cerca de la línea 146 como report.h5, pero la CLI escribe reports.h5, y la llamada a h5diff cerca de la línea 162 pasa sus argumentos a través de sh -c, por lo que nunca llegan a la herramienta. Corrige el nombre del archivo y la invocación, y luego comprueba que la prueba falla cuando se cambia deliberadamente un valor calculado. El issue también señala Hdf5Comparison.java en la rama UnifiedDataModel como una posible alternativa del lado de Java.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Summary

QuantOmexExecTest (tag BSTS_IT) never actually compares computed results with the expected HDF5:

  • Wrong file name. It reads the computed file from outdirPath.resolve("report.h5") (line 146), but the CLI writes reports.h5.
  • h5diff gets no arguments. It runs sh -c h5diff -r --delta ... (line 162). With sh -c, only the first argument is the command; the rest become positional parameters. So h5diff runs with no files, and the "position" check on its output can never trip.

A quantitative regression in solver output would therefore pass this test.

Fix

Point it at reports.h5 and call h5diff directly, or compare in Java with jhdf. vcell-cli/src/test/java/org/vcell/cli/run/hdf5/Hdf5Comparison.java on the UnifiedDataModel branch does an exact structural comparison and could be extended with a tolerance.

Lenguaje dominante
Java
Estrellas
140
Forks
35
Merge medio
17 h 39 min
PR fusionados (30 d)
19

Preparar el entorno

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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