CLI reports.h5: repeated task without changes loses its iteration dimension

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#2,191 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
java
Lĩnh vực
backend

Hướng nghiên cứu

Start with the synthetic archive SimulatorSupportsRepeatedTasksWithLinearUniformRanges/1.execution-should-succeed.omex under vcell-cli/src/test/resources/bsts-omex/synths/sedml/ and with BSTSBasedOmexExecTest, which currently checks only success. Then trace how the SED-ML importer turns a repeatedTask with no setValue changes into MathOverrides, and why the run collapses to one job. Done means the __repeated_task_report shape matches the expected [4, 2, 1, 11] and the test asserts report shapes.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Summary

A SED-ML repeatedTask that iterates without changing anything is reported without its iteration dimension.

The BioSimulators synthetic archive SimulatorSupportsRepeatedTasksWithLinearUniformRanges/1.execution-should-succeed.omex (in vcell-cli/src/test/resources/bsts-omex/synths/sedml/) has a repeated task over a 2-point uniformRange with no setValue changes. VCell writes __repeated_task_report with shape [4, 11]. BioSimulators expects [4, 2, 1, 11]: data sets × iterations × sub-tasks × time points.

The same happens for the other synthetic repeated-task archives I checked: Logarithmic, Vector, Functional, Nested and MultipleSubTasks ranges.

BSTSBasedOmexExecTest doesn't catch this because it only checks that execution succeeds, not the report shapes.

Likely cause

Repeated tasks become VCell parameter scans through MathOverrides. With no change targeting a parameter there is nothing to scan, so the run collapses to one job and the iteration axis disappears. This needs confirming in the SED-ML importer.

Ngôn ngữ chính
Java
Star
140
Fork
35
Merge trung bình
11 giờ 28 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
19

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của virtualcell/vcell

Tất cả issue của virtualcell/vcell

Issue tương tự

Thêm issue về Java

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.