Trim a multiple sequence alignment based on a BED
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- go
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Start by reviewing the seqkit subset command and its --bed handling, then compare that behavior with the reported MSA input and keep.bed coordinates. The work is done when BED positions can be applied to every sequence in the MSA without requiring the BED chromosome name to match a sequence name, and the resulting msa.trim.fa contains the requested columns.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
As always, I assume there is a way to do this seqkit, but my fu is not strong enough to find it.
I have a BED file of positions/columns I would like to keep from a multiple sequence alignment.
I've tried seqkit subset -w 0 -U --bed keep.bed msa.fa > msa.trim.fa but I get the warning [WARN] sequence () not found in file: msa.fa and the resulting output is empty. I assume this is because the chromosome name in the BED does not match the names of the sequences in the MSA.
Esentially I want to ignore the chromosome name and just extract the positions in the BED from each sequence in the MSA.
- Lenguaje dominante
- Go
- Estrellas
- 1.6k
- Forks
- 189
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Incluye un Dockerfile o un archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Sin guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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