Trim a multiple sequence alignment based on a BED
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100
- Loại issue
- Tính năng
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- go
- Lĩnh vực
- bioinformatics
Hướng nghiên cứu
Start by reviewing the seqkit subset command and its --bed handling, then compare that behavior with the reported MSA input and keep.bed coordinates. The work is done when BED positions can be applied to every sequence in the MSA without requiring the BED chromosome name to match a sequence name, and the resulting msa.trim.fa contains the requested columns.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
As always, I assume there is a way to do this seqkit, but my fu is not strong enough to find it.
I have a BED file of positions/columns I would like to keep from a multiple sequence alignment.
I've tried seqkit subset -w 0 -U --bed keep.bed msa.fa > msa.trim.fa but I get the warning [WARN] sequence () not found in file: msa.fa and the resulting output is empty. I assume this is because the chromosome name in the BED does not match the names of the sequences in the MSA.
Esentially I want to ignore the chromosome name and just extract the positions in the BED from each sequence in the MSA.
- Ngôn ngữ chính
- Go
- Star
- 1.6k
- Fork
- 189
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Chuẩn bị môi trường
- Có Dockerfile hoặc tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Không có hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của shenwei356/seqkit
-
convert: no range check between Phred encodings, so a wrong --from writes a broken FASTQ (exit 0)Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
shenwei356/seqkit#612 · 1 bình luận ·
-
common, pair, split, split2: lost or changed data with exit 0, and inputs deleted by -O / -fĐang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
shenwei356/seqkit#620 ·
-
sliding, merge-slides, mutate, translate, replace: panics, lost windows and wrong output with exit 0Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
shenwei356/seqkit#619 ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
shenwei356/seqkit#618 ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
shenwei356/seqkit#617 ·
Tất cả issue của shenwei356/seqkit
Issue tương tự
-
Project submission:Đang mở
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
slavakurilyak/awesome-ai-agents#845 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 3 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 85/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 74/100
JakeChampion/lang#13132 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
[BUG] deploy.restart_policy without condition drops the restart policyCó thể đã có người làm @akshat-lakhera đã nhận hôm nay. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
docker/compose#14383 · 1 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày