[feature request] seqkit subseq with --circular option?
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Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 28/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- go
- Área
- bioinformatics, cli
Línea de trabajo
Start by locating the seqkit subset command and reviewing how BED-defined flanking regions are extracted; compare the requested behavior with the existing seqkit subseq --circular option mentioned in the title. Define how circular versus linear sequences are selected, including the proposed sequence-name list or BED input, and verify that boundary-spanning flanks are extracted correctly.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hi Wei,
I wonder would it be possible to add a --circular option also to seqkit subset?
I am currently using seqkit subset to extract the flanking regions of some genes with bed files. Some genes are located near the boundary of circular genomes so the flanks get truncated. It would be nice to have this option so that I don't need to manually concatenate the sequences multiple times before annotating genes. It would be even nicer if seqkit subset could differentiate linear/circular genomes with a user specified list or bed. For example:
seq_a linear
seq_b circular
...
- Lenguaje dominante
- Go
- Estrellas
- 1.6k
- Forks
- 188
- Merge medio
- 5 d 12 h
- PR fusionados (30 d)
- 1
Preparar el entorno
- Incluye un Dockerfile o un archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Sin guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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