[feature request] seqkit subseq with --circular option?
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評価
- 難易度
- 5/5
- 見積もり時間
- 1週間以上
- 初心者へのやさしさ
- 28/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- go
- 領域
- bioinformatics, cli
調査の方向性
Start by locating the seqkit subset command and reviewing how BED-defined flanking regions are extracted; compare the requested behavior with the existing seqkit subseq --circular option mentioned in the title. Define how circular versus linear sequences are selected, including the proposed sequence-name list or BED input, and verify that boundary-spanning flanks are extracted correctly.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Hi Wei,
I wonder would it be possible to add a --circular option also to seqkit subset?
I am currently using seqkit subset to extract the flanking regions of some genes with bed files. Some genes are located near the boundary of circular genomes so the flanks get truncated. It would be nice to have this option so that I don't need to manually concatenate the sequences multiple times before annotating genes. It would be even nicer if seqkit subset could differentiate linear/circular genomes with a user specified list or bed. For example:
seq_a linear
seq_b circular
...
- 主要言語
- Go
- スター
- 1.6k
- フォーク
- 188
- 平均マージ
- 5日 12時間
- マージ済み PR（30日）
- 1
環境構築
- Dockerfile または Docker Compose ファイルあり
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドなし
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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