Unable to read xenium data
Nadie ha tomado este issue todavía.
Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
Línea de trabajo
Comienza en el punto de entrada de xenium y en readers/xenium.py, especialmente en la llamada a _get_tables_and_circles mostrada en el traceback. Reproduce el fallo con el nuevo paquete de salida de Xenium indicado y verifica que el lector gestione sus archivos .zarr sin intentar abrir el archivo cell_feature_matrix.h5 que falta.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hi,
I have installed the latest development version of spatialdata-io using pip install git+https://github.com/scverse/spatialdata-io.git@main.
Then I tried the below code:
from spatialdata_io import xenium
sdata = xenium(path_to_xenium_folder)
I get the FileNotFoundError.
Error log:
INFO reading /Users/riyapodder/Downloads/Sample_13666_Region_1/cell_feature_matrix.h5
/var/folders/rd/07ft8cf97nzgfgsy6gfk0lzc0000gp/T/ipykernel_16029/698948949.py:1: DeprecationWarning: The default value of cells_as_circles will change to False in the next release. Please pass True explicitly to maintain the current behavior.
sdata = xenium("/Users/riyapodder/Downloads/Sample_13666_Region_1")
FileNotFoundError Traceback (most recent call last)
Cell In[19], line 1
----> 1 sdata = xenium("/Users/riyapodder/Downloads/Sample_13666_Region_1")
File /opt/miniconda3/envs/spatial_analysis_2/lib/python3.10/site-packages/spatialdata_io/_utils.py:47, in deprecation_alias..deprecation_decorator..wrapper(*args, **kwargs)
45 class_name = f.qualname
46 rename_kwargs(f.name, kwargs, aliases, class_name)
---> 47 return f(*args, **kwargs)
File /opt/miniconda3/envs/spatial_analysis_2/lib/python3.10/site-packages/spatialdata_io/readers/xenium.py:185, in xenium(path, cells_boundaries, nucleus_boundaries, cells_as_circles, cells_labels, nucleus_labels, transcripts, morphology_mip, morphology_focus, aligned_images, cells_table, n_jobs, imread_kwargs, image_models_kwargs, labels_models_kwargs)
182 cells_table = True
184 if cells_table:
--> 185 return_values = _get_tables_and_circles(path, cells_as_circles, specs)
186 if cells_as_circles:
187 table, circles = return_values
File /opt/miniconda3/envs/spatial_analysis_2/lib/python3.10/site-packages/spatialdata_io/readers/xenium.py:523, in _get_tables_and_circles(path, cells_as_circles, specs)
520 def _get_tables_and_circles(
521 path: Path, cells_as_circles: bool, specs: dict[str, Any]
522 ) -> AnnData | tuple[AnnData, AnnData]:
--> 523 adata = _read_10x_h5(path / XeniumKeys.CELL_FEATURE_MATRIX_FILE)
524 metadata = pd.read_parquet(path / XeniumKeys.CELL_METADATA_FILE)
525 np.testing.assert_array_equal(metadata.cell_id.astype(str), adata.obs_names.values)
...
File h5py/_objects.pyx:57, in h5py._objects.with_phil.wrapper()
File h5py/h5f.pyx:102, in h5py.h5f.open()
FileNotFoundError: [Errno 2] Unable to synchronously open file (unable to open file: name = '/Users/riyapodder/Downloads/Sample_13666_Region_1/cell_feature_matrix.h5', errno = 2, error message = 'No such file or directory', flags = 0, o_flags = 0)
my xenium folder contains these files:
analysis_summary.html cell_feature_matrix.zarr cells.zarr.zip transcripts.zarr
analysis.zarr cell_feature_matrix.zarr.zip experiment.xenium transcripts.zarr.zip
analysis.zarr.zip cells.zarr morphology.ome.tif
I understand that the data that I have is the new xenium output bundle. Is the xenium reader function not updated to handle this data? Or am I missing something? Requesting your kind assistance.
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 103
- Forks
- 64
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Más de scverse/spatialdata-io
-
documentation
Dificultad 2/5 Medio día Aptitud para principiantes 65/100
scverse/spatialdata-io#161 · 13 comentarios ·
-
bug
Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100
scverse/spatialdata-io#422 ·
-
Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100
scverse/spatialdata-io#419 · 1 comentario ·
-
MCMICRO reader does not support new nf-core/mcmicro output formatsPosiblemente ocupada @adamjtaylor la tomó hace 84 días. Abierto
Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 48/100
scverse/spatialdata-io#409 · 1 reacción ·
-
Visium in matrix market formatAbierto
Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100
scverse/spatialdata-io#408 ·
Todos los issues de scverse/spatialdata-io
Issues similares
-
good first issue
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 85/100
btclib-org/btclib-node#1955 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
documentation v0.9.2
Dificultad 2/5 Medio día Aptitud para principiantes 72/100
khuisman/mcp-gee-sweet#1033 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
bug
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 76/100
ossf/cve-bin-tool#5966 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 62/100
Los mantenedores suelen responder en 2 días
-
write_iceberg ignores the table's write.parquet.compression-codec propertyPosiblemente ocupada @YuangGao la tomó hoy. Abierto
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 82/100
Eventual-Inc/Daft#7606 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día