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no macrocyclic torsions found in symmetric rings

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@greglandrum ya está trabajando en esto.

Desde el 23/3/2026.

Evaluación

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Descripción

bug stale

Describe the bug
No macrocyclic ET terms are found for this molecule:

Image SMILES: `S=C1NCc2ccc(cc2)CNC(=S)c2cccc(n2)C(=S)NCc2ccc(cc2)CNC(=S)c2cccc1n2`

Because the numBondRings() check at TorsionPreferences.cpp:228 fails. This happens because of the symmetric paths through the trans-phenyl rings in the macrocycle.

The most straightforward solution to this would be to use the URF ring family code to count the number of ring families for each bond.

Configuration (please complete the following information):

  • RDKit version: master

Additional Info
Here's a C++ reproducible showing the problem (this test passes, but the only bonds that show up are the "torsions" in the aromatic rings:

TEST_CASE("Macrocycle term not matched") {
  auto mol =
      "S=C1NCc2ccc(cc2)CNC(=S)c2cccc(n2)C(=S)NCc2ccc(cc2)CNC(=S)c2cccc1n2"_smiles;
  REQUIRE(mol);
  MolOps::addHs(*mol);
  ForceFields::CrystalFF::CrystalFFDetails details;
  bool useExpTorsions = true;
  bool useSmallRingTorsions = false;
  bool useMacrocycleTorsions = true;
  bool useBasicKnowledge = true;
  unsigned int version = 2;
  bool verbose = false;
  ForceFields::CrystalFF::getExperimentalTorsions(
      *mol, details, useExpTorsions, useSmallRingTorsions,
      useMacrocycleTorsions, useBasicKnowledge, version, verbose);
  CHECK(!details.expTorsionAtoms.empty());
  for (const auto &t : details.expTorsionAtoms) {
    std::cerr << t[0] << " " << t[1] << " " << t[2] << " " << t[3] << std::endl;
  }
}
Lenguaje dominante
HTML
Estrellas
3.6k
Forks
1.1k
Merge medio
3 d 8 h
PR fusionados (30 d)
44

Guía de contribución

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