Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

no macrocyclic torsions found in symmetric rings

Đang mở
#9,200 2 bình luận 0 reaction 1 người được giao Xem trên GitHub

@greglandrum đang làm issue này rồi.

Từ ngày 23/3/2026.

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Mô tả

bug stale

Describe the bug
No macrocyclic ET terms are found for this molecule:

Image SMILES: `S=C1NCc2ccc(cc2)CNC(=S)c2cccc(n2)C(=S)NCc2ccc(cc2)CNC(=S)c2cccc1n2`

Because the numBondRings() check at TorsionPreferences.cpp:228 fails. This happens because of the symmetric paths through the trans-phenyl rings in the macrocycle.

The most straightforward solution to this would be to use the URF ring family code to count the number of ring families for each bond.

Configuration (please complete the following information):

  • RDKit version: master

Additional Info
Here's a C++ reproducible showing the problem (this test passes, but the only bonds that show up are the "torsions" in the aromatic rings:

TEST_CASE("Macrocycle term not matched") {
  auto mol =
      "S=C1NCc2ccc(cc2)CNC(=S)c2cccc(n2)C(=S)NCc2ccc(cc2)CNC(=S)c2cccc1n2"_smiles;
  REQUIRE(mol);
  MolOps::addHs(*mol);
  ForceFields::CrystalFF::CrystalFFDetails details;
  bool useExpTorsions = true;
  bool useSmallRingTorsions = false;
  bool useMacrocycleTorsions = true;
  bool useBasicKnowledge = true;
  unsigned int version = 2;
  bool verbose = false;
  ForceFields::CrystalFF::getExperimentalTorsions(
      *mol, details, useExpTorsions, useSmallRingTorsions,
      useMacrocycleTorsions, useBasicKnowledge, version, verbose);
  CHECK(!details.expTorsionAtoms.empty());
  for (const auto &t : details.expTorsionAtoms) {
    std::cerr << t[0] << " " << t[1] << " " << t[2] << " " << t[3] << std::endl;
  }
}
Ngôn ngữ chính
HTML
Star
3.6k
Fork
1.1k
Merge trung bình
3 ngày 8 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
44

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của rdkit/rdkit

Tất cả issue của rdkit/rdkit

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.