no macrocyclic torsions found in symmetric rings
@greglandrum đang làm issue này rồi.
Từ ngày 23/3/2026.
Đánh giá
Issue này chưa được đánh giá.
Mô tả
Describe the bug
No macrocyclic ET terms are found for this molecule:
Because the numBondRings() check at TorsionPreferences.cpp:228 fails. This happens because of the symmetric paths through the trans-phenyl rings in the macrocycle.
The most straightforward solution to this would be to use the URF ring family code to count the number of ring families for each bond.
Configuration (please complete the following information):
- RDKit version: master
Additional Info
Here's a C++ reproducible showing the problem (this test passes, but the only bonds that show up are the "torsions" in the aromatic rings:
TEST_CASE("Macrocycle term not matched") {
auto mol =
"S=C1NCc2ccc(cc2)CNC(=S)c2cccc(n2)C(=S)NCc2ccc(cc2)CNC(=S)c2cccc1n2"_smiles;
REQUIRE(mol);
MolOps::addHs(*mol);
ForceFields::CrystalFF::CrystalFFDetails details;
bool useExpTorsions = true;
bool useSmallRingTorsions = false;
bool useMacrocycleTorsions = true;
bool useBasicKnowledge = true;
unsigned int version = 2;
bool verbose = false;
ForceFields::CrystalFF::getExperimentalTorsions(
*mol, details, useExpTorsions, useSmallRingTorsions,
useMacrocycleTorsions, useBasicKnowledge, version, verbose);
CHECK(!details.expTorsionAtoms.empty());
for (const auto &t : details.expTorsionAtoms) {
std::cerr << t[0] << " " << t[1] << " " << t[2] << " " << t[3] << std::endl;
}
}
- Ngôn ngữ chính
- HTML
- Star
- 3.6k
- Fork
- 1.1k
- Merge trung bình
- 3 ngày 8 giờ
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 44
Hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của rdkit/rdkit
-
Clarify mol_from_smiles vs qmol_from_smarts for substruct_count queries in Postgresql cartridge Đang mởenhancement
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 86/100
-
bug
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 70/100
-
bug
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 65/100
-
enhancement
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 50/100
-
Improve depiction of RNA Đang mởenhancement
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100